YURA, Kei

Research Classification：

2018/-0-2021/-0

Allocation Class：￥4420000

Research Classification：

2013/-0-2016/-0

Allocation Class：￥47710000

Research Classification：

Allocation Class：￥19630000

Research Classification：

Allocation Class：￥4550000

Research Classification：

Allocation Class：￥20020000

Research Classification：

Allocation Class：￥18210000

Research Classification：

Allocation Class：￥3600000

Research Classification：

Allocation Class：￥112800000

Research Classification：

Allocation Class：￥13800000

Research Classification：

Allocation Class：￥14500000

Research Classification：

2015/-0-2018/-0

Allocation Class：￥5070000

Research Classification：

2019/-0-2024/-0

Allocation Class：￥17290000

2017

Research Results Outline：オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これら...オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。

2017

Research Results Outline：当該研究では、ＲＮＡとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずＲＮＡ構造の特徴抽出を行った。２０１７年８月現在の生体高分子立体構造デ当該研究では、ＲＮＡとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずＲＮＡ構造の特徴抽出を行った。２０１７年８月現在の生体高分子立体構造データベース（ＰＤＢ）には、ＲＮＡ分子単独の立体構造が１３２７件、タンパク質との複合体が２００２件存...当該研究では、ＲＮＡとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずＲＮＡ構造の特徴抽出を行った。２０１７年８月現在の生体高分子立体構造データベース（ＰＤＢ）には、ＲＮＡ分子単独の立体構造が１３２７件、タンパク質との複合体が２００２件存在することがわかった。ＲＮＡ分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、１０Åを閾値として自己相関を調べたところ、２０塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、ＲＮＡの立体構造推定において、２０塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。

2018Collaborator：鈴木博文

Research Results Outline：薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらな...薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらない置換に、明確な違いが見いだせていない。ABC輸送体の立体構造データと変異データとをつないだところ、疾患につながる変異は、ABC輸送体の機能的構造変化の要となる部分に存在する場合があることがわかった。これら以外の部位に存在する変異が、どのような機構で疾患につながるかは未知だが、今回のデータ連結によって疾患につながる一つの機構を見いだすことができた。

2018

Research Results Outline：肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取...肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取得し、オミックスデータの融合を試みた。その結果、SCN投与後から5分までの間に、二次代謝産物生合成系の遺伝子発現は増加していることがわかった。そして、15分後には薬剤排出の遺伝子も活発に発現することがわかった。低濃度のSCNでは、薬剤代謝に関係する遺伝子の発現を抑えきれず、むしろ薬物防御機構が活性化されていることがわかった。