Name

YURA, Kei

Official Title

Professor(without tenure)

Affiliation

(School of Advanced Science and Engineering)

Sub-affiliation

Sub-affiliation

Faculty of Science and Engineering(Graduate School of Advanced Science and Engineering)

Affiliated Institutes

理工学術院総合研究所(理工学研究所)

兼任研究員 2018-

規範科学総合研究所

研究所員 2017-2019

規範科学総合研究所

研究所員 2019-

Research Grants & Projects

Grant-in-aids for Scientific Research Adoption Situation

Research Classification:

A novel functional antigen receptor TMD module identified as an SLE-associating SNP-related structure

2018/-0-2021/-0

Allocation Class:¥4420000

Research Classification:

Comprehensive prediction of RNA-protein interactinos

2013/-0-2016/-0

Allocation Class:¥47710000

Research Classification:

Identification of novel DOPA ligands and electrophysiological analysis of DOPA-induced response

Allocation Class:¥19630000

Research Classification:

Development of a method to obtain information for prediction of interacting structres of biomolecules

Allocation Class:¥4550000

Research Classification:

Elucidation of the binding mode of DNA repair promoting protein to strand breaks

Allocation Class:¥20020000

Research Classification:

Studying Function of Alternative Splicing Products Based on Protein Structure Modeling

Allocation Class:¥18210000

Research Classification:

Function annotation of DNA repair related proteins using molecular evolution information and computer simulation of protein dynamics

Allocation Class:¥3600000

Research Classification:

Decoding of genome function and evolution based on the 3D structures of proteins

Allocation Class:¥112800000

Research Classification:

Protein function and module shuffling

Allocation Class:¥13800000

Research Classification:

Development of a method to predict protein function based on module classification

Allocation Class:¥14500000

Research Classification:

The roles of the G-quadruplex-binding activity of human ORC in replication origin establishment

2015/-0-2018/-0

Allocation Class:¥5070000

Research Classification:

Building Inventory of Evolution and Luminescent Mechanisms of Bioluminescent Proteins

2019/-0-2024/-0

Allocation Class:¥17290000

On-campus Research System

Special Research Project

オミックスデータ融合による細胞内生体高分子の時空間構造再構築

2018

Research Results Outline:肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取...肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取得し、オミックスデータの融合を試みた。その結果、SCN投与後から5分までの間に、二次代謝産物生合成系の遺伝子発現は増加していることがわかった。そして、15分後には薬剤排出の遺伝子も活発に発現することがわかった。低濃度のSCNでは、薬剤代謝に関係する遺伝子の発現を抑えきれず、むしろ薬物防御機構が活性化されていることがわかった。

オミックスデータの融合による生体高分子の細胞内時空間構造の再構築

2017

Research Results Outline:オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これら...オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。

RNAはどのような三次元構造でタンパク質と相互作用するのか

2017

Research Results Outline:当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造デ当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存...当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存在することがわかった。RNA分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、10Åを閾値として自己相関を調べたところ、20塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、RNAの立体構造推定において、20塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。

創薬等のプロジェクトを支援するヒトゲノムアノテーションデータベースの開発

2018Collaborator:鈴木博文

Research Results Outline:薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらな...薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらない置換に、明確な違いが見いだせていない。ABC輸送体の立体構造データと変異データとをつないだところ、疾患につながる変異は、ABC輸送体の機能的構造変化の要となる部分に存在する場合があることがわかった。これら以外の部位に存在する変異が、どのような機構で疾患につながるかは未知だが、今回のデータ連結によって疾患につながる一つの機構を見いだすことができた。

Lecture Course

Course TitleSchoolYearTerm
Bioinformatics: Exercise ISchool of Advanced Science and Engineering2019winter quarter
Biological PhysicsSchool of Advanced Science and Engineering2019spring semester
Master's Thesis (Department of Life Science and Medical Bioscience)Graduate School of Advanced Science and Engineering2019full year
Research on Biomolecular Science and EngineeringGraduate School of Advanced Science and Engineering2019full year
Research on Biomolecular Science and EngineeringGraduate School of Advanced Science and Engineering2019full year
Master's Thesis (Department of Life Science and Medical Bioscience)Graduate School of Advanced Science and Engineering2019full year
Advanced Biological PhysicsGraduate School of Advanced Science and Engineering2019fall semester
Research on Biomolecular Science and EngineeringGraduate School of Advanced Science and Engineering2019full year