Professor(without tenure)
(School of Advanced Science and Engineering)
Faculty of Science and Engineering(Graduate School of Advanced Science and Engineering)
Research Council (Research Organization)/Affiliated organization(Global Education Center)
兼任研究員 2018-
研究所員 2017-2019
研究所員 2019-
Research Classification:
A novel functional antigen receptor TMD module identified as an SLE-associating SNP-related structure2018/-0-2021/-0
Allocation Class:¥4420000
Research Classification:
Quantitative evaluation of disinfection mechanism using techniques of cell biology and computational biology2017/-0-2020/-0
Allocation Class:¥15860000
Research Classification:
Comprehensive prediction of RNA-protein interactinos2013/-0-2016/-0
Allocation Class:¥47710000
Research Classification:
Identification of novel DOPA ligands and electrophysiological analysis of DOPA-induced responseAllocation Class:¥19630000
Research Classification:
Development of a method to obtain information for prediction of interacting structres of biomoleculesAllocation Class:¥4550000
Research Classification:
Elucidation of the binding mode of DNA repair promoting protein to strand breaksAllocation Class:¥20020000
Research Classification:
Studying Function of Alternative Splicing Products Based on Protein Structure ModelingAllocation Class:¥18210000
Research Classification:
Function annotation of DNA repair related proteins using molecular evolution information and computer simulation of protein dynamicsAllocation Class:¥3600000
Research Classification:
Decoding of genome function and evolution based on the 3D structures of proteinsAllocation Class:¥112800000
Research Classification:
Protein function and module shufflingAllocation Class:¥13800000
Research Classification:
Development of a method to predict protein function based on module classificationAllocation Class:¥14500000
Research Classification:
The roles of the G-quadruplex-binding activity of human ORC in replication origin establishment2015/-0-2018/-0
Allocation Class:¥5070000
Research Classification:
Building Inventory of Evolution and Luminescent Mechanisms of Bioluminescent Proteins2019/-0-2024/-0
Allocation Class:¥17290000
2017
Research Results Outline:オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これら...オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。
2017
Research Results Outline:当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造デ当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存...当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存在することがわかった。RNA分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、10Åを閾値として自己相関を調べたところ、20塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、RNAの立体構造推定において、20塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。
2018Collaborator:鈴木博文
Research Results Outline:薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらな...薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらない置換に、明確な違いが見いだせていない。ABC輸送体の立体構造データと変異データとをつないだところ、疾患につながる変異は、ABC輸送体の機能的構造変化の要となる部分に存在する場合があることがわかった。これら以外の部位に存在する変異が、どのような機構で疾患につながるかは未知だが、今回のデータ連結によって疾患につながる一つの機構を見いだすことができた。
2018
Research Results Outline:肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取...肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取得し、オミックスデータの融合を試みた。その結果、SCN投与後から5分までの間に、二次代謝産物生合成系の遺伝子発現は増加していることがわかった。そして、15分後には薬剤排出の遺伝子も活発に発現することがわかった。低濃度のSCNでは、薬剤代謝に関係する遺伝子の発現を抑えきれず、むしろ薬物防御機構が活性化されていることがわかった。
Course Title | School | Year | Term |
---|---|---|---|
Bioinformatics: Exercise I | School of Advanced Science and Engineering | 2020 | winter quarter |
Bioinformatics: Exercise I | School of Advanced Science and Engineering | 2021 | winter quarter |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2020 | spring semester |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2020 | spring semester |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2020 | spring semester |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2021 | spring semester |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2021 | spring semester |
Biological Physics | School of Advanced Science and Engineering | 2021 | spring semester |
Master's Thesis (Department of Life Science and Medical Bioscience) | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | full year |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | full year |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | full year |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2021 | full year |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2021 | full year |
Master's Thesis (Department of Life Science and Medical Bioscience) | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | full year |
Advanced Biological Physics | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | fall semester |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2020 | full year |
Research on Biomolecular Science and Engineering | Graduate School of Advanced Science and Engineering | 2021 | full year |
Medicine X AI,Big Data,IoT/Practitioners Graduated From Waseda University | Global Education Center | 2020 | spring quarter |