氏名

ユラ ケイ

由良 敬

職名

教授(任期付)

所属

(先進理工学部)

本属以外の学内所属

兼担

理工学術院(大学院先進理工学研究科)

学内研究所等

理工学術院総合研究所(理工学研究所)

兼任研究員 2018年-

外部研究資金

科学研究費採択状況

研究種別:

SLE関連多型に触発された構造モジュール組換えによる抗原受容体活性化機構の解明

2018年-0月-2021年-0月

配分額:¥4420000

研究種別:

細胞生物学および計算生物学の手法を用いた消毒機構の定量的評価に関する研究

2017年-0月-2020年-0月

配分額:¥15860000

研究種別:

RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証

2013年-0月-2016年-0月

配分額:¥47710000

研究種別:

新規ドーパリガンドの構造決定とドーパ応答の電気生理学的解析

配分額:¥19630000

研究種別:

生体高分子間相互作用構造推定のため情報抽出法の開発

配分額:¥4550000

研究種別:

DNA修復促進タンパク質のDNA鎖切断部位への結合様式の解明

配分額:¥20020000

研究種別:

選択的スプライシングを受けたタンパク質の立体構造モデリングによる機能解析

配分額:¥18210000

研究種別:

タンパク質の多様性獲得戦略の解明に基づいたゲノム情報の解読

配分額:¥3500000

研究種別:

ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション

配分額:¥3600000

研究種別:

遺伝子同時転写単位同定にもとづく新規DNA修復関連タンパク質の予測

配分額:¥2500000

研究種別:

進化情報を用いたDNA修復酵素複合体の相互作用部位予測

配分額:¥3700000

研究種別:

全ゲノム配列比較にもとづくDNA修復酵素の比較と分類

配分額:¥3900000

研究種別:

モジュール3Dキーノートを用いたゲノム機能予測法の開発

配分額:¥2100000

研究種別:

タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析

配分額:¥112800000

研究種別:

金属イオン結合モジュールの金属配位様式の共通性・多様性

配分額:¥2200000

研究種別:

モジュール知識に基づくタンパク質機能予測法の開発

配分額:¥13800000

研究種別:

タンパク質の機能とモジュールシャッフリング

配分額:¥14500000

研究種別:

リン酸基結合モジュールにもとづくDNA結合部位の推定

配分額:¥2000000

研究種別:

転写因子のモジュール・ドメイン構成とシグナル認識

配分額:¥1800000

研究種別:

DNAリン酸基に結合するモジュールは共通か

配分額:¥1000000

研究種別:

ヒトORCのグアニン四重鎖結合活性の複製開始点形成における役割の解明

2015年-0月-2018年-0月

配分額:¥5070000

研究種別:

生物界に存在する発光タンパク質の進化と発光機構のインベントリー創出

2019年-0月-2024年-0月

配分額:¥17290000

学内研究制度

特定課題研究

オミックスデータの融合による生体高分子の細胞内時空間構造の再構築

2017年度

研究成果概要:オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開...オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。

RNAはどのような三次元構造でタンパク質と相互作用するのか

2017年度

研究成果概要:当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複...当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存在することがわかった。RNA分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、10Åを閾値として自己相関を調べたところ、20塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、RNAの立体構造推定において、20塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。

現在担当している科目

科目名開講学部・研究科開講年度学期
バイオインフォマティクス演習I 先進理工学部2019冬クォーター
Biological Physics 先進理工学部2019春学期
修士論文(生医)大学院先進理工学研究科2019通年
Research on Biomolecular Science and Engineering大学院先進理工学研究科2019通年
生命分子工学研究大学院先進理工学研究科2019通年
Master's Thesis (Department of Life Science and Medical Bioscience)大学院先進理工学研究科2019通年
Advanced Biological Physics大学院先進理工学研究科2019秋学期
生命分子工学研究大学院先進理工学研究科2019通年