氏名

ツネダ　サトシ

常田　聡

職名

教授 (https://researchmap.jp/read0050793/)

所属

（先進理工学部）

連絡先

メールアドレス

メールアドレス: stsuneda@waseda.jp

住所・電話番号・fax番号

住所: 〒162-8480新宿区若松町2-2　早稲田大学先端生命医科学センター
電話番号: 03-5369-7325
fax番号: 03-5369-7325

URL等

WebページURL

http://www.waseda.jp/sem-tsuneda/index.html

研究者番号

30281645

本属以外の学内所属

兼担

理工学術院（大学院先進理工学研究科）

研究院（研究機関）/附属機関・学校（グローバルエデュケーションセンター）

学内研究所等

理工学総合研究センター

兼任研究員 1989年-2006年

ライフサポートイノベーション研究所

研究所員 2014年-2014年

実践的ナノ化学G

研究所員 2007年-2011年

欧州バイオメディカルサイエンス研究所

研究所員 2012年-2012年

欧州バイオメディカルグリーンサイエンス研究所

研究所員 2012年-2014年

ナノプロセス研究所

研究所員 2007年-2014年

ナノプロセス研究所

研究所員 2015年-

リンアトラス研究所

プロジェクト研究所所長 2015年-

欧州バイオメディカルグリーンサイエンス研究所

研究所員 2015年-2016年

グローバルバイオメディカルグリーンサイエンス研究所

研究所員 2017年-2017年

グローバルバイオメディカルグリーンサイエンス研究所

研究所員 2017年-2018年

理工学術院総合研究所（理工学研究所）

兼任研究員 2006年-2018年

理工学術院総合研究所（理工学研究所）

兼任研究員 2018年-

ライフサポートイノベーション研究所

研究所員 2015年-2019年

ライフサポートイノベーション研究所

研究所員 2019年-

持続型食・農・バイオ研究所

研究所員 2014年-2018年

学歴・学位

学歴

-1989年	東京大学工学部化学工学
-1991年	東京大学工学系研究科化学工学専攻
-1994年	東京大学工学系研究科化学生命工学専攻

学位

博士(工学) 課程東京大学生物機能・バイオプロセス

経歴

1995年-1996年	理化学研究所基礎科学特別研究員
1996年-1999年	早稲田大学専任講師
1999年-2007年	早稲田大学助教授
2007年-	早稲田大学教授
2012年-2014年	早稲田大学環境保全センター所長（兼務）

所属学協会

化学工学会代議員

日本水環境学会

環境バイオテクノロジー学会理事

日本生物工学会東日本支部委員、代議員

日本免疫学会

日本細菌学会

腸内細菌学会

日本水処理生物学会

日本バイオフィルム学会理事

日本イオン交換学会

International Water Association (IWA)

International Society for Microbial Ecology (ISME)

American Society for Microbiology (ASM)

受賞

(公社)日本生物工学会・論文賞

2018年06月

(公財)長瀬科学技術振興財団会・長瀬研究振興賞

2017年04月

(公社)日本水環境学会・年間優秀論文賞

2014年09月

(公社)日本水環境学会・論文賞

2013年06月

(社)日本生物工学会・論文賞

2011年09月

(社)化学工学会・化学工学論文集優秀論文賞2006

2007年09月

(社)日本水環境学会・論文奨励賞

2004年06月

日本水処理生物学会・論文賞

2002年11月

(社)日本生物工学会・論文賞

2001年09月

(社)化学工学会・奨励賞

1995年03月

研究分野

キーワード

生物工学、微生物生態学

科研費分類

工学 / プロセス・化学工学 / 生物機能・バイオプロセス

環境学 / 環境保全学 / 環境技術・環境負荷軽減

農学 / 農芸化学 / 応用微生物学

医歯薬学 / 基礎医学 / 細菌学（含真菌学）

研究シーズ

慢性骨髄増殖性疾患の診断方法　～JAK2遺伝子変異の定量解析方法～

シーズ分野：ライフサイエンス

微生物の新規分離培養法

シーズ分野：ライフサイエンス

骨髄増殖性腫瘍の病態モニタリング

シーズ分野：ライフサイエンス

研究テーマ履歴

2010年-バイオフィルム中で薬剤抵抗性を示す固執細胞の分子機構解析

研究テーマのキーワード：バイオフィルム，固執細胞，分子機構

国内共同研究

2008年-腸内細菌による大腸上皮細胞の炎症制御

研究テーマのキーワード：腸内細菌，炎症，大腸上皮

国内共同研究

2003年-難培養微生物の新規分離・培養システムの開発

研究テーマのキーワード：難培養微生物，マイクロコロニー，セルソーター

個人研究

2006年-遺伝子定量・分子イメージング技術の医療診断への応用

研究テーマのキーワード：新規遺伝子定量技術，RNAイメージング，ヘリケース活性測定

国内共同研究

1992年-生体高分子固定化のための新機能界面に関する研究

研究テーマのキーワード：生体高分子, 機能界面

個人研究

1996年-産業廃水・生活廃水の生物処理

研究テーマのキーワード：生物処理, 産業廃水, 生活排水

個人研究

1998年-バイオフィルム内の微生物生態系の解明

研究テーマのキーワード：バイオフィルム, 微生物生態系，休止細菌

個人研究

論文

Conditional Hfq Association with Small Noncoding RNAs in Pseudomonas aeruginosa Revealed through Comparative UV Cross-Linking Immunoprecipitation Followed by High-Throughput Sequencing

K. Chihara, T. Bischler, L. Barquist, V. A. Monzon, N. Noda, J. Vogel, S. Tsuneda

mSystems査読有り4(6)p.e00590-192019年12月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：2379-5077

Fluorescent Nucleic Acid Probe in Droplets for Bacterial Sorting (FNAP-Sort) as a High-Throughput Screening Method for Environmental Bacteria with Various Growth Rates

Y. Ota, K. Saito, T. Takagi, S. Matsukura, M. Morita, S. Tsuneda, N. Noda

PLOS ONE査読有り14(4)p.e02145332019年04月-2019年04月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：1932-6203

Nitrosomonas europaea MazF Specifically Recognises the UGG Motif and Promotes Selective RNA Degradation

T. Miyamoto, A. Yokota, Y. Ota, M. Tsuruga, R. Aoi, S. Tsuneda, N. Noda

Frontiers in Microbiology査読有り9(2386)p.1 - 102018年10月-2018年10月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Stochastic expression of lactate dehydrogenase A induces Escherichia coli persister formation

N. Yamamoto, R. Isshiki, Y. Kawai, D. Tanaka, T. Sekiguchi, S. Matsumoto, S. Tsuneda

J. Biosci. Bioeng.査読有り126(1)p.30 - 372018年07月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Low-temperature Culturing Improves Survival Rate of Tissue-engineered Cardiac Cell Sheets

K. Sakaguchi, Y. Hinata, Y.Kagawa, K. Iwasaki, S. Tsuneda, T. Shimizu, M. Umezu

Biochem. Biophys. Rep.査読有り14p.89 - 972018年07月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Skewed megakaryopoiesis in human induced pluripotent stem cell-derived haematopoietic progenitor cells harbouring calreticulin mutations

H. Takei, Y. Edahiro, S. Mano, N. Masubuchi, Y. Mizukami, M. Imai, S. Morishita, S. Tsuneda, H. Endo, S. Nakamura, K. Eto, A. Ohsaka, M. Araki, N. Komatsu

British Journal of Haematology査読有り181(6)p.791 - 8022018年06月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

AldB controls persister formation in Escherichia coli depending on environmental stress

Y. Kawai, S. Matsumoto, Y. Ling, S. Okuda, S. Tsuneda

Microbiol. Immunol.査読有り62(5)p.299 - 3042018年05月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

“All-in-one” in vitro selection of collagen-binding vascular endothelial growth factor

Park, Shin Hye; Park, Shin Hye; Uzawa, Takanori; Uzawa, Takanori; Hattori, Fumiyuki; Ogino, Shuichi; Morimoto, Naoki; Tsuneda, Satoshi; Tsuneda, Satoshi; Ito, Yoshihiro; Ito, Yoshihiro; Ito, Yoshihiro

Biomaterials161p.270 - 2782018年04月-2018年04月　

ISSN：01429612

概要：© 2018 Elsevier Ltd To enhance the therapeutic effect of growth factors, a powerful strategy is to direct their localization to damaged sites. To treat skin wounds and myocardial infarction, we selected vascular endothelial growth factor (VEGF) carrying binding affinity to collagen. A simple conjugation of a reported collagen-binding sequence and VEGF did not increase the collagen-binding affinity, indicating that the molecular interaction between the two proteins abolished collagen binding activity. Here, we present a new molecular evolution strategy, “all-in-one” in vitro selection, in which a collagen-binding VEGF (CB-VEGF) was directly identified from a random library consisting of random and VEGF sequences. As expected, the selected CB-VEGFs exhibited high binding affinity to collagen and maintained the same growth enhancement activity for endothelial cells as unmodified VEGF in solution. Furthermore, the selected CB-VEGF enhanced angiogenesis at skin wounds and infarcted myocardium. This study demonstrates that “all-in-one” in vitro selection is a novel strategy for the design of functional proteins for regenerative medicine.

“All-in-one” in vitro selection of collagen-binding vascular endothelial growth factor

S.-H. Park, T. Uzawa, F. Hattori, S. Ogino, N. Morimoto, S. Tsuneda, Y. Ito

Biomaterials査読有り161p.270 - 2782018年02月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Genomic Analysis of Two Phylogenetically Distinct Nitrospira Species Reveals Their Genomic Plasticity and Functional Diversity

N. Ushiki, H. Fujitani, Y. Shimada, T. Morohoshi, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda

Frontiers in Microbiology査読有り8(2637)p.1 - 122018年01月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Unique Transcriptional Profile of Native Persisters in Escherichia coli

S. Matsumoto, Y. Kawai, S. Miyagawa, Y. Iwamoto, S. Okuda, A. Sanchez-Gorostiaga, M. Vicente, S. Tsuneda

J. Biosci. Bioeng.査読有り125(1)p.15 - 222018年01月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Unique transcriptional profile of native persisters in Escherichia coli

Matsumoto, Shinya; Kawai, Yuto; Miyagawa, Satoshi; Iwamoto, Yuka; Okuda, Shujiro; Sánchez-Gorostiaga, Alicia; Vicente, Miguel; Tsuneda, Satoshi

Journal of Bioscience and Bioengineering125(1)p.15 - 222018年01月-2018年01月　

ISSN：13891723

概要：© 2017 The Society for Biotechnology, Japan Non-dividing persisters, bacteria that can survive in the presence of antibiotics by pausing their metabolic activity, are among the many causes of the refractory nature of bacterial infections. Here we constructed a recombinant Escherichia coli strain that enables to distinguish non-dividing from dividing cell based on Z-ring during cell division. Then, non-dividing cells and dividing cells were successfully separated using a fluorescence activated cell sorter. The sorted non-dividing cells showed significantly higher tolerance toward ofloxacin than dividing cells, which indicates that persisters were concentrated with the methodology. Transcriptional analysis revealed that genes involved in guanosine tetraphosphate synthesis are upregulated in persisters, which represses transcription and DNA replication and leads to ofloxacin tolerance. Lactate dehydrogenase and several ATP-binding cassette transporters were upregulated in persisters to adapt to anaerobic metabolism. In addition, nitrite and dimethyl sulfoxide (DMSO) may be used as reducible substrates for alternative energy generation pathways. Our methodology revealed a unique transcriptional profile of E. coli persisters.

Genomic analysis of two phylogenetically distinct Nitrospira species reveals their genomic plasticity and functional diversity

Ushiki, Norisuke; Fujitani, Hirotsugu; Shimada, Yu; Morohoshi, Tomohiro; Sekiguchi, Yuji; Tsuneda, Satoshi

Frontiers in Microbiology8(JAN)2018年01月-2018年01月　

概要：© 2018 Ushiki, Fujitani, Shimada, Morohoshi, Sekiguchi and Tsuneda. The genus Nitrospira represents a dominant group of nitrite-oxidizing bacteria in natural and engineered ecosystems. This genus is phylogenetically divided into six lineages, for which vast phylogenetic and functional diversity has been revealed by recent molecular ecophysiological analyses. However, the genetic basis underlying these phenotypic differences remains largely unknown because of the lack of genome sequences representing their diversity. To gain a more comprehensive understanding of Nitrospira, we performed genomic comparisons between two Nitrospira strains (ND1 and NJ1 belonging to lineages I and II, respectively) previously isolated from activated sludge. In addition, the genomes of these strains were systematically compared with previously reported six Nitrospira genomes to reveal their similarity and presence/absence of several functional genes/operons. Comparisons of Nitrospira genomes indicated that their genomic diversity reflects phenotypic differences and versatile nitrogen metabolisms. Although most genes involved in key metabolic pathways were conserved between strains ND1 and NJ1, assimilatory nitrite reduction pathways of the two Nitrospira strains were different. In addition, the genomes of both strains contain a phylogenetically different urease locus and we confirmed their ureolytic activity. During gene annotation of strain NJ1, we found a gene cluster encoding a quorum-sensing system. From the enriched supernatant of strain NJ1, we successfully identified seven types of acyl-homoserine lactones with a range of C10-C14. In addition, the genome of strain NJ1 lacks genes relevant to flagella and the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-Cas (CRISPR-associated genes) systems, whereas most nitrifying bacteria including strain ND1 possess these genomic elements. These findings enhance our understanding of genomic plasticity and functional diversity among members of the genus Nitrospira.

High-Rate Nitrification of Electronic Industry Wastewater by Using Nitrifying Granules

Y. Hasebe, H. Meguro, Y. Kanai, M. Eguchi, T. Osaka, S. Tsuneda

Water Sci. Technol.査読有り76(11)p.3171 - 31802017年12月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Characterization of a Deinococcus radiodurans MazF: a UACA-Specific RNA Endoribonuclease

T. Miyamoto, Y. Ota, A. Yokota T. Suyama, S. Tsuneda, N. Noda

MicrobiologyOpen査読有り6(5)p.e5012017年12月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Meta-analysis of Fecal Microbiota and Metabolites in Experimental Colitic Mice during the Inflammatory and Healing Phases

T. Osaka, E. Moriyama, S. Arai, Y. Date, J. Yagi, J. Kikuchi, S. Tsuneda

Nutrients査読有り9(12)p.13292017年12月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Meta-analysis of fecal microbiota and metabolites in experimental colitic mice during the inflammatory and healing phases

Osaka, Toshifumi; Osaka, Toshifumi; Moriyama, Eri; Arai, Shunichi; Date, Yasuhiro; Date, Yasuhiro; Yagi, Junji; Kikuchi, Jun; Kikuchi, Jun; Kikuchi, Jun; Tsuneda, Satoshi

Nutrients9(12)2017年12月-2017年12月　

概要：© 2017 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. The imbalance of gut microbiota is known to be associated with inflammatory bowel disease, but it remains unknown whether dysbiosis is a cause or consequence of chronic gut inflammation. In order to investigate the effects of gut inflammation on microbiota and metabolome, the sequential changes in gut microbiota and metabolites from the onset of colitis to the recovery in dextran sulfate sodium-induced colitic mice were characterized by using meta 16S rRNA sequencing and proton nuclear magnetic resonance (1H-NMR) analysis. Mice in the colitis progression phase showed the transient expansions of two bacterial families including Bacteroidaceae and Enterobacteriaceae and the depletion of major gut commensal bacteria belonging to the uncultured Bacteroidales family S24-7, Rikenellaceae, Lachnospiraceae, and Ruminococcaceae. After the initiation of the recovery, commensal Lactobacillus members promptly predominated in gut while other normally abundant bacteria excluding the Erysipelotrichaceae remained diminished. Furthermore, 1H-NMR analysis revealed characteristic fluctuations in fecal levels of organic acids (lactate and succinate) associated with the disease states. In conclusion, acute intestinal inflammation is a perturbation factor of gut microbiota but alters the intestinal environments suitable for Lactobacillus members.

Characterization of a Deinococcus radiodurans MazF: A UACA-specific RNA endoribonuclease

Miyamoto, Tatsuki; Miyamoto, Tatsuki; Ota, Yuri; Ota, Yuri; Yokota, Akiko; Suyama, Tetsushi; Tsuneda, Satoshi; Noda, Naohiro; Noda, Naohiro

MicrobiologyOpen6(5)2017年10月-2017年10月　

概要：© 2017 The Authors. MicrobiologyOpen published by John Wiley & Sons Ltd. Microbes are known to withstand environmental stresses by using chromosomal toxin–antitoxin systems. MazEF is one of the most extensively studied toxin–antitoxin systems. In stressful environments, MazF toxins modulate translation by cleaving single-stranded RNAs in a sequence-specific fashion. Previously, a chromosomal gene located at DR0417 in Deinococcus radiodurans was predicted to code for a MazF endoribonuclease (MazF DR 0417 ); however, its function remains unclear. In the present study, we characterized the molecular function of MazF DR 0417 . Analysis of MazF DR 0417 -cleaved RNA sites using modified massively parallel sequencing revealed a unique 4-nt motif, UACA, as a potential cleavage pattern. The activity of MazF DR 0417 was also assessed in a real-time fluorometric assay, which revealed that MazF DR 0417 strictly recognizes the unique tetrad UACA. This sequence specificity may allow D. radiodurans to alter its translation profile and survive under stressful conditions.

Enrichment and Physiological Characterization of a Cold-Adapted Nitrite Oxidizer Nitrotoga sp. from Eelgrass Sediment

K. Ishii, H. Fujitani, K. Soh, T. Nakagawa, R. Takahashi, S. Tsuneda

Appl. Environ. Microbiol.査読有り83(14)p.e00549-172017年07月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Enrichment and physiological characterization of a coldadapted nitrite-oxidizing Nitrotoga sp. from an eelgrass sediment

Ishii, Kento; Fujitani, Hirotsugu; Soh, Kentaro; Nakagawa, Tatsunori; Takahashi, Reiji; Tsuneda, Satoshi

Applied and Environmental Microbiology83(14)2017年07月-2017年07月　

ISSN：00992240

概要：© 2017 American Society for Microbiology. Nitrite-oxidizing bacteria (NOB) are responsible for the second step of nitrification in natural and engineered ecosystems. The recently discovered genus Nitrotoga belongs to the Betaproteobacteria and potentially has high environmental importance. Although environmental clones affiliated with Nitrotoga are widely distributed, the limited number of cultivated Nitrotoga spp. results in a poor understanding of their ecophysiological features. In this study, we successfully enriched the nonmarine cold-adapted Nitrotoga sp. strain AM1 from coastal sand in an eelgrass zone and investigated its physiological characteristics. Multistep-enrichment approaches led to an increase in the abundance of AM1 to approximately 80% of the total bacterial population. AM1 was the only detectable NOB in the bacterial community. The 16S rRNA gene sequence of AM1 was 99.6% identical to that of "Candidatus Nitrotoga arctica," which was enriched from permafrost-affected soil. The highest nitrogen oxidation rate of AM1 was observed at 16°C. The half-saturation constant (K m ) and the generation time were determined to be 25 μM NO 2 - and 54 h, respectively. The nitrite oxidation rate of AM1 was stimulated at concentrations of < 30 mM NH 4 Cl but completely inhibited at 50 mM NH 4 Cl. AM1 can grow well under specific environmental conditions, such as low temperature and in the presence of a relatively high concentration of free ammonia. These results help improve our comprehension of the functional importance of Nitrotoga.

First Full-Scale Nitritation-Anammox Plant Using Gel Entrapment Technology for Ammonia Plant Effluent

K. Isaka, Y. Kimura, M. Matsuura, T. Osaka, S. Tsuneda

Biochem. Eng. J.査読有り122p.115 - 1222017年06月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

First full-scale nitritation-anammox plant using gel entrapment technology for ammonia plant effluent

Isaka, Kazuichi; Kimura, Yuya; Matsuura, Masahiro; Osaka, Toshifumi; Tsuneda, Satoshi

Biochemical Engineering Journal122p.115 - 1222017年06月-2017年06月　

ISSN：1369703X

概要：© 2017 Elsevier B.V. The first full-scale nitritation-anammox process using gel entrapment technology was evaluated for nitrogen removal. Ammonia plant effluents contained not only ammonium but also methanol, an anammox inhibitor. The nitrogen concentration and loading design were 690 mg/L and 400 kg-N/d, respectively. A nitritation reactor (170 m 3 ) filled with nitrification gel carriers was started up on day 20, with a resulting nitrification efficiency of 58%. A stable nitritation performance was observed without significant nitrate production for > 1 year. A nitrogen conversion rate of 3.2 kg-N/m 3 /d was observed on the anammox reactor (100 m 3 ) filled with anammox gel carrier on day 69. The full-scale anammox reactor could be started up in approximately 2 months. Subsequently, stable nitrogen removal performance was observed for > 1 year. The average nitrogen loading, nitrogen conversion rate, and total nitrogen removal on the anammox reactor were 3.6 kg-N/m 3 /d, 3.0 kg-N/m 3 /d and 330 kg-N/d, respectively. The nitrogen removal performance obtained in this study will facilitate further application of the anammox processes to many types of industrial wastewater treatment.

Real-Time Quantitation of Internal Metabolic Activity of Three-Dimensional Engineered Tissues Using an Oxygen Microelectrode and Optical Coherence Tomography

Y. Kagawa, Y. Haraguchi, S. Tsuneda, T. Shimizu

Journal of Biomedical Materials Research: Part B査読有り105(4)p.855 - 8642017年05月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Nitrite Oxidation Kinetics of Two Nitrospira Strains: the Quest for Competition and Ecological Niche Differentiation

N. Ushiki, M. Jinno, H. Fujitani, T. Suenaga, A. Terada, S. Tsuneda

J. Biosci. Bioeng.査読有り123(5)p.581 - 5892017年05月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Four Aromatic Sulfates with an Inhibitory Effect against HCV NS3 Helicase from the Crinoid Alloeocomatella polycladia

I. Hermawan, A. Furuta, M. Higashi, Y. Fujita, N. Akimitsu, A. Yamashita, K. Moriishi, S. Tsuneda, H. Tani, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, Y. Sekiguchi, N. Noda, J. Tanaka

Marine Drugs査読有り15(117)p.1 - 102017年05月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Real-time quantitation of internal metabolic activity of three-dimensional engineered tissues using an oxygen microelectrode and optical coherence tomography

Kagawa, Yuki; Kagawa, Yuki; Haraguchi, Yuji; Tsuneda, Satoshi; Tsuneda, Satoshi; Shimizu, Tatsuya

Journal of Biomedical Materials Research - Part B Applied Biomaterials105(4)p.855 - 8642017年05月-2017年05月　

ISSN：15524973

概要：© 2015 Wiley Periodicals, Inc. Recent progress in tissue engineering technology has enabled us to develop thick tissue constructs that can then be transplanted in regenerative therapies. In clinical situations, it is vital that the engineered tissues to be implanted are safe and functional before use. However, there is currently a limited number of studies on real-time quality evaluation of thick living tissue constructs. Here we developed a system for quantifying the internal activities of engineered tissues, from which we can evaluate its quality in real-time. The evaluation was achieved by measuring oxygen concentration profiles made along the vertical axis and the thickness of the tissues estimated from cross-sectional images obtained noninvasively by an optical coherence tomography system. Using our novel system, we obtained (i) oxygen concentration just above the tissues, (ii) gradient of oxygen along vertical axis formed above the tissues within culture medium, and (iii) gradient of oxygen formed within the tissues in real-time. Investigating whether these three parameters could be used to evaluate engineered tissues during culturing, we found that only the third parameter was a good candidate. This implies that the activity of living engineered tissues can be monitored in real-time by measuring the oxygen gradient within the tissues. The proposed measuring strategy can be applied to developing more efficient culturing methods to support the fabrication of engineered thick tissues, as well as providing methods to confirm the quality in real-time. © 2016 Wiley Periodicals, Inc. J Biomed Mater Res Part B: Appl Biomater, 105B: 855–864, 2017.

Nitrite oxidation kinetics of two Nitrospira strains: The quest for competition and ecological niche differentiation

Ushiki, Norisuke; Jinno, Masaru; Fujitani, Hirotsugu; Suenaga, Toshikazu; Terada, Akihiko; Tsuneda, Satoshi

Journal of Bioscience and Bioengineering123(5)p.581 - 5892017年05月-2017年05月　

ISSN：13891723

概要：© 2017 The Society for Biotechnology, Japan Nitrite oxidation is an aerobic process of the nitrogen cycle in natural ecosystems, and is performed by nitrite-oxidizing bacteria (NOB). Also, nitrite oxidation is a rate-limiting step of nitrogen removal in wastewater treatment plants (WWTPs). Although Nitrospira is known as dominant NOB in WWTPs, information on their physiological properties and kinetic parameters is limited. Here, we report the kinetic parameters and inhibition of nitrite oxidation by free ammonia in pure cultures of Nitrospira sp. strain ND1 and Nitrospira japonica strain NJ1, which were previously isolated from activated sludge in a WWTP. The maximum nitrite uptake rate (V max_NO 2 ) and the half-saturation constant for nitrite uptake (K m_NO 2 ) of strains ND1 and NJ1 were 45 ± 7 and 31 ± 5 (μmol NO 2 − /mg protein/h), and 6 ± 1 and 10 ± 2 (μM NO 2 − ), respectively. The V max_NO 2 and K m_NO 2 of two strains indicated that they adapt to low-nitrite-concentration environments like activated sludge. The half-saturation constants for oxygen uptake (K m_O 2 ) of the two strains were 4.0 ± 2.5 and 2.6 ± 1.1 (μM O 2 ), respectively. The K m_O 2 values of the two strains were lower than those of other NOB, suggesting that Nitrospira in activated sludge could oxidize nitrite in the hypoxic environments often found in the interiors of biofilms and flocs. The inhibition thresholds of the two strains by free ammonia were 0.85 and 4.3 (mg-NH 3 l −1 ), respectively. Comparing the physiological properties of the two strains, we suggest that tolerance for free ammonia determines competition and partitioning into ecological niches among Nitrospira populations.

pH-Gradient Ion-exchange Microbial Cell Chromatography as a Simple Method for Microbial Separation

Y. Aoi, Y. Kaneko, S. Tsuneda

J. Biosci. Bioeng.査読有り123(4)p.431 - 4362017年04月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

pH-gradient ion-exchange microbial cell chromatography as a simple method for microbial separation

Aoi, Yoshiteru; Kaneko, Yuji; Tsuneda, Satoshi

Journal of Bioscience and Bioengineering123(4)p.431 - 4362017年04月-2017年04月　

ISSN：13891723

概要：© 2016 The Society for Biotechnology, Japan Selective separation of specific microbial types from a heterogeneous microbial population, such as an environmental microbial community, is an important process for microbial research and biotechnological industries. In the present study, pH-gradient ion-exchange microbial cell chromatography (PIE-MCC) was developed as a new method for microbial separation. The proposed method enables target microorganisms to be separated from a microbial community based on differences in microbial surface characteristics, because these characteristics, such as the ζ (zeta)-potential, vary among microbial cells. PIE-MCC was conducted by controlling the adhesion and detachment of microbial cells to and from the carrier surface by manipulating the pH of the running buffer. As a proof of concept, microbial cell separation via PIE-MCC was demonstrated using pure-cultured strains, model mixtures of two different pure-cultured strains, and an environmental sample targeting uncultivated microorganisms; i.e., each pure-cultured strain showed unique chromatograms; specific single species were separated from the model mixture; and a specific, uncultivated target was separated from the environmental sample. The ζ-potential of several tested strains suggested that not only electrostatic interactions, but also other factors affected microbial adhesion to the carrier surface. The newly developed method has several potential advantages compared with other techniques, not only in terms of its microbial separation capability, but also in terms of its simplicity and ability to be scaled up. Thus, the method has the potential to be widely used for a variety of purposes in the microbiology and biotechnology fields.

Four aromatic sulfates with an inhibitory effect against HCV NS3 helicase from the crinoid alloeocomatella polycladia

Hermawan, Idam; Furuta, Atsushi; Furuta, Atsushi; Higashi, Masahiro; Fujita, Yoshihisa; Akimitsu, Nobuyoshi; Yamashita, Atsuya; Moriishi, Kohji; Tsuneda, Satoshi; Tani, Hidenori; Nakakoshi, Masamichi; Tsubuki, Masayoshi; Sekiguchi, Yuji; Noda, Naohiro; Noda, Naohiro; Tanaka, Junichi

Marine Drugs15(4)2017年04月-2017年04月　

概要：© 2017 by the authors. Bioassay-guided separation of a lipophilic extract of the crinoid Alloeocomatella polycladia, inhibiting the activity of HCV NS3 helicase, yielded two groups of molecules: cholesterol sulfate and four new aromatic sulfates 1-4. The structures of the aromatics were elucidated by spectroscopic analysis in addition to theoretical studies. The aromatic sulfates 1-4 showed moderate inhibition against NS3 helicase with IC 50 values of 71, 95, 7, and 5 μM, respectively.

A rapid collection of yet unknown ammonia oxidizers in pure culture from activated sludge

Abe, Takuma; Ushiki, Norisuke; Fujitani, Hirotsugu; Tsuneda, Satoshi

Water Research査読有り108(1)p.169 - 1782017年01月-2017年01月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：00431354

概要：© 2016 Elsevier LtdNitrification is an important reaction in the biological nitrogen removal process in wastewater treatment plants (WWTPs). As ammonia-oxidizing microbes are slow-growing and sensitive to environmental factors such as free ammonia, pure strains are hard to obtain, preventing our understanding of their physiological characteristics. To conquer this hurdle, we report a high-throughput isolation technique based on scattering signatures, which exploits the tendency of many ammonia-oxidizing bacteria (AOB) to form microcolonies in activated sludge. The AOB microcolonies were directly sorted from the activated sludge without long incubation and enrichment bias, and were sequentially inoculated into 96-well microtiter plates containing growth medium. Phylogenetic analysis of the pure strains isolated in this study revealed a deeply branching and unrecognized lineage and diversity within the genus Nitrosomonas, beyond our expectation.

A rapid collection of yet unknown ammonia oxidizers in pure culture from activated sludge

Abe, Takuma;Ushiki, Norisuke;Fujitani, Hirotsugu;Tsuneda, Satoshi

WATER RESEARCH108p.169 - 1782017年-2017年

ISSN：0043-1354

Ecophysiology and Comparative Genomics of Nitrosomonas mobilis Ms1 Isolated from Autotrophic Nitrifying Granules of Wastewater Treatment Bioreactor

S. M. Thandar, N. Ushiki, H. Fujitani, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda

Frontiers in Microbiology査読有り7(1869)p.1 - 142016年11月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Ecophysiology and comparative genomics of nitrosomonas mobilis ms1 isolated from autotrophic nitrifying granules of wastewater treatment bioreactor

Thandar, Soe Myat; Thandar, Soe Myat; Ushiki, Norisuke; Fujitani, Hirotsugu; Sekiguchi, Yuji; Tsuneda, Satoshi

Frontiers in Microbiology7(NOV)2016年11月-2016年11月　

概要：© 2016 Thandar, Ushiki, Fujitani, Sekiguchi and Tsuneda.Ammonia-oxidizing bacteria (AOB), which oxidize ammonia to nitrite in the first step of nitrification, play an important role in biological wastewater treatment systems. Nitrosomonas mobilis is an important and dominant AOB in various wastewater treatment systems. However, the detailed physiological and genomic properties of N. mobilis have not been thoroughly investigated because of limited success isolating pure cultures. This study investigated the key physiological characteristics of N. mobilis Ms1, which was previously isolated into pure culture from the nitrifying granules of wastewater treatment bioreactor. The pure culture of N. mobilis Ms1 was cultivated in liquid mineral medium with 30 mg-N L-1 (2.14 mM) of ammonium at room temperature under dark conditions. The optimum growth of N. mobilis Ms1 occurred at 27°C and pH 8, with a maximum growth rate of 0.05-0.07 h-1, which corresponded to a generation time of 10-14 h. The half saturation constant for ammonium uptake rate and the maximum ammonium uptake rate of N. mobilis Ms1 were 30.70 ± 0.51 μM NH4+ and 0.01 ± 0.002 pmol NH4+ cells-1 h-1, respectively. N. mobilis Ms1 had higher ammonia oxidation activity than N. europaea in this study. The oxygen uptake activity kinetics of N. mobilis Ms1 were Km(O2) = 21.74 ± 4.01 μM O2 and V max(O2) = 0.06 ± 0.02 pmol O2 cells-1 h-1. Ms1 grew well at ammonium and NaCl concentrations of up to 100 and 500 mM, respectively. The nitrite tolerance of N. mobilis Ms1 was extremely high (up to 300 mM) compared to AOB previously isolated from activated sludge and wastewater treatment plants. The average nucleotide identity between the genomes of N. mobilis Ms1 and other Nitrosomonas species indicated that N. mobilis Ms1 was distantly related to other Nitrosomonas species. The organization of the genes encoding protein inventory involved in ammonia oxidation and nitrifier denitrification processes were different from other Nitrosomonas species. The current study provides a needed physiological and genomic characterization of N. mobilis-like bacteria and a better understanding of their ecophysiological properties, enabling comparison of these bacteria with other AOB in wastewater treatment systems and natural ecosystems.

Physical enrichment of uncultured Accumulibacter and Nitrospira from activated sludge by unlabeled cell sorting technique

Irie, Kana; Fujitani, Hirotsugu; Tsuneda, Satoshi

Journal of Bioscience and Bioengineering査読有り122(4)p.475 - 4812016年10月-2016年10月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：13891723

概要：Â© 2016 The Society for Biotechnology, JapanIt is important to understand the ecology and physiology of microbes in activated sludge of wastewater treatment plants. Recently, molecular based approaches such as 16S rRNA genes and environmental genomics have illuminated black boxes in nutrient removal process and expanded our knowledge. However, most microbes responsible for the removal of phosphate and nitrogen such as Accumulibacter and Nitrospira remain uncultured. This is because optimum methodologies to concentrate these uncultured microbes and to obtain pure cultures have not been established. Here, we report a novel approach for physical enrichment of uncultured Accumulibacter and Nitrospira from microbial communities in activated sludge by a cell sorting system. Two scattering signatures representing forward scatter and side scatter of this system allowed morphological characterization of microbial particles in activated sludge. The distribution and size of microbial particles consisting of single cells, microcolonies, and aggregates depended on the levels of scattering signatures. Next generation sequencer and principal component analysis revealed each microbial population fractionated according to the levels of scattering signatures, resulting that uncultured Accumulibacter and Nitrospira could be sorted as single cells or microcolonies. Finally, quantitative fluorescence in situ hybridization analysis determined optimum fractions to collect sufficiently these target microbes from activated sludge. Consequently, this method would be very useful as an enrichment technique prior to isolation, genomic analysis, and physiological investigation of uncultured bacteria.

AAU-specific RNA cleavage mediated by MazF toxin endoribonuclease conserved in Nitrosomonas Europaea

Miyamoto, Tatsuki; Miyamoto, Tatsuki; Yokota, Akiko; Tsuneda, Satoshi; Noda, Naohiro; Noda, Naohiro

Toxins査読有り8(6)p.n° 1742016年06月-2016年06月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

概要：© 2016 by the authors; licensee MDPI, Basel, Switzerland.Nitrosomonas europaea carries numerous toxin-antitoxin systems. However, despite the abundant representation in its chromosome, studies have not surveyed the underlying molecular functions in detail, and their biological roles remain enigmatic. In the present study, we found that a chromosomally-encoded MazF family member, predicted at the locus NE1181, is a functional toxin endoribonuclease, and constitutes a toxin-antitoxin system, together with its cognate antitoxin, MazE. Massive parallel sequencing provided strong evidence that this toxin endoribonuclease exhibits RNA cleavage activity, primarily against the AAU triplet. This sequence-specificity was supported by the results of fluorometric assays. Our results indicate that N. europaea alters the translation profile and regulates its growth using the MazF family of endoribonuclease under certain stressful conditions.

Effect of Lipopolysaccharide on the Progression of Non-Alcoholic Fatty Liver Disease in High Caloric Diet-Fed Mice

Matsushita, N.; Matsushita, N.; Osaka, T.; Osaka, T.; Haruta, I.; Haruta, I.; Ueshiba, H.; Yanagisawa, N.; Omori-Miyake, M.; Hashimoto, E.; Shibata, N.; Tokushige, K.; Saito, K.; Tsuneda, S.; Yagi, J.

Scandinavian Journal of Immunology査読有り83(2)p.109 - 1182016年02月-2016年02月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：03009475

概要：© 2016 The Foundation for the Scandinavian Journal of Immunology.The incidence of non-alcoholic steatohepatitis (NASH) is increasing. Because gut microbiota have been highlighted as one of the key factors in the pathogenesis of metabolic syndrome, we investigated the involvement of the bacterial component in the progression of non-alcoholic fatty liver (NAFL) to NASH. C57BL/6 mice were fed with maintenance food (MF, groups A and B) or a high caloric diet (HCD, groups C and D) for 1 month. Mice were then divided into four groups: Groups A and C were inoculated with PBS, while groups B and D were inoculated with lipopolysaccharide (LPS) plus complete Freund's adjuvant (CFA). The inoculations were performed a total of 3 times over 3 months. At 6 months, while hepatic steatosis was observed in groups C and D, cellular infiltration and fibrosis were less evident in group C than in group D. Inflammatory cytokines were upregulated in groups B and D. 16S rRNA pyrosequencing of whole colon homogenates containing faeces showed that certain bacterial groups, such as Bacteroidaceae, Peptostreptococcaceae and Erysipelotrichaceae, were increased in groups C and D. Although loading of bacterial components (LPS) resulted in hepatic inflammation in both MF- and HCD-fed mice, HCD feeding was more crucial in the progression of NAFL during the triggering phase.

Characterization of mazF-mediated sequence-specific RNA cleavage in pseudomonas putida using massive parallel sequencing

Miyamoto, Tatsuki; Miyamoto, Tatsuki; Kato, Yuka; Sekiguchi, Yuji; Tsuneda, Satoshi; Noda, Naohiro; Noda, Naohiro

PLoS ONE11(2)p.e01494942016年02月-2016年02月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

概要：© 2016 Miyamoto et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.Under environmental stress, microbes are known to alter their translation patterns using sequence-specific endoribonucleases that we call RNA interferases. However, there has been limited insight regarding which RNAs are specifically cleaved by these RNA interferases, hence their physiological functions remain unknown. In the current study, we developed a novel method to effectively identify cleavage specificities with massive parallel sequencing. This approach uses artificially designed RNAs composed of diverse sequences, which do not form extensive secondary structures, and it correctly identified the cleavage sequence of a well-characterized Escherichia coli RNA interferase, MazF, as ACA. In addition, we also determined that an uncharacterized MazF homologue isolated from Pseudomonas putida specifically recognizes the unique triplet, UAC. Using a real-time fluorescence resonance energy transfer assay, the UAC triplet was further proved to be essential for cleavage in P. putida MazF. These results highlight an effective method to determine cleavage specificity of RNA interferases.

System for measuring oxygen consumption rates of mammalian cells in static culture under hypoxic conditions

Kagawa, Yuki; Kagawa, Yuki; Miyahara, Hirotaka; Ota, Yuri; Tsuneda, Satoshi; Tsuneda, Satoshi

Biotechnology Progress査読有り32(1)p.189 - 1972016年01月-2016年01月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：87567938

概要：© 2016 American Institute of Chemical Engineers.Estimating the oxygen consumption rates (OCRs) of mammalian cells in hypoxic environments is essential for designing and developing a three-dimensional (3-D) cell culture system. However, OCR measurements under hypoxic conditions are infrequently reported in the literature. Here, we developed a system for measuring OCRs at low oxygen levels. The system injects nitrogen gas into the environment and measures the oxygen concentration by an optical oxygen microsensor that consumes no oxygen. The developed system was applied to HepG2 cells in static culture. Specifically, we measured the spatial profiles of the local dissolved oxygen concentration in the medium, then estimated the OCRs of the cells. The OCRs, and also the pericellular oxygen concentrations, decreased nonlinearly as the oxygen partial pressure in the environment decreased from 19% to 1%. The OCRs also depended on the culture period and the matrix used for coating the dish surface. Using this system, we can precisely estimate the OCRs of various cell types under environments that mimic 3-D culture conditions, contributing crucial data for an efficient 3-D culture system design.

Physical enrichment of uncultured Accumulibacter and Nitrospira from activated sludge by unlabeled cell sorting technique

Irie, Kana;Fujitani, Hirotsugu;Tsuneda, Satoshi

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING122(4)p.475 - 4812016年-2016年

ISSN：1389-1723

Ecophysiology and Comparative Genomics of Nitrosomonas mobilis Ms1 Isolated from Autotrophic Nitrifying Granules of Wastewater Treatment Bioreactor

Thandar, Soe Myat;Ushiki, Norisuke;Fujitani, Hirotsugu;Sekiguchi, Yuji;Tsuneda, Satoshi

FRONTIERS IN MICROBIOLOGY72016年-2016年

ISSN：1664-302X

Bacterial metabolites directly modulate farnesoid X receptor activity

Zhang, Xianqin; Osaka, Toshifumi; Osaka, Toshifumi; Tsuneda, Satoshi

Nutrition and Metabolism査読有り12(1)p.1 - 142015年11月-2015年11月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

概要：© 2015 Zhang et al.Background: The farnesoid X receptor (FXR), a ligand-activated transcription factor belonging to the adopted orphan receptor, plays an important role in maintaining health of the liver and intestine. In this study, we identified individual bacterial strains that directly modulated the activation of intestinal FXR. Methods: The FXR stimulatory potential of 38 bacterial strains was determined using a stable FXR reporter system derived from intestinal epithelial cells (IEC). The induction of FXR target genes by screened FXR stimulatory bacteria was determined by real-time PCR. In addition, a high fat diet (HFD)-induced obese mouse model was used to evaluate in vivo FXR stimulatory potential of bacterial metabolites screened in this study. Results: A luciferase assay with the FXR reporter cell line demonstrated that the FXR-stimulatory activity of most bacterial cell samples was less than 2-fold. The culture supernatants of Bacteroides dorei and Eubacterium limosum induced FXR activity and selectively regulated FXR target expression in the FXR reporter system. Treatment with B. dorei-derived metabolites strongly induced ileal bile acid binding protein (IBABP) (8.4-fold) and organic solute transporter (OST) α (3.1-fold) compared with E. limosum-derived metabolites. Furthermore, administration of B. dorei derived metabolites showed significant reduction in body weight gain, and both two bacterial metabolites reduced liver weight in obese mice compared to PBS-treated controls. Administration of each bacterial metabolites improved in serum levels of obesity-related metabolic biochemical markers such as ALT, AST, total cholesterol, and triglyceride. Furthermore, two bacterial metabolites enhanced the Fxr gene expression in the intestine and liver, and ileal Shp gene expression tended to be increased by treatment with the metabolites derived from B. dorei. Conclusions: B. dorei and E. limosum secreted the bioactive substances that directly stimulate FXR in the intestinal epithelial cells. Administration of these bacterial FXR-stimulatory metabolites improves the obesity phenotype including body weight gain, liver damage, lipid metabolism in DIO mice.

Selective Isolation of Ammonia-Oxidizing Bacteria from Autotrophic Nitrifying Granules by Applying Cell-Sorting and Sub-Culturing of Microcolonies

H. Fujitani, A. Kumagai, N. Ushiki, K. Momiuchi, S. Tsuneda

Frontiers in Microbiology査読有り6(1159)p.1 - 102015年10月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Identification of hydroxyanthraquinones as novel inhibitors of hepatitis C Virus NS3 helicase

Furuta, Atsushi; Furuta, Atsushi; Tsubuki, Masayoshi; Endoh, Miduki; Miyamoto, Tatsuki; Miyamoto, Tatsuki; Tanaka, Junichi; Salam, Kazi Abdus; Akimitsu, Nobuyoshi; Tani, Hidenori; Yamashita, Atsuya; Moriishi, Kohji; Nakakoshi, Masamichi; Sekiguchi, Yuji; Tsuneda, Satoshi; Noda, Naohiro; Noda, Naohiro

International Journal of Molecular Sciences査読有り16(8)p.18439 - 184532015年08月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：16616596

概要：© 2015 by the authors; licensee MDPI, Basel, Switzerland. Hepatitis C virus (HCV) is an important etiological agent of severe liver diseases, including cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The HCV genome encodes nonstructural protein 3 (NS3) helicase, which is a potential anti-HCV drug target because its enzymatic activity is essential for viral replication. Some anthracyclines are known to be NS3 helicase inhibitors and have a hydroxyanthraquinone moiety in their structures; mitoxantrone, a hydroxyanthraquinone analogue, is also known to inhibit NS3 helicase. Therefore, we hypothesized that the hydroxyanthraquinone moiety alone could also inhibit NS3 helicase. Here, we performed a structure–activity relationship study on a series of hydroxyanthraquinones by using a fluorescence-based helicase assay. Hydroxyanthraquinones inhibited NS3 helicase with IC50 values in the micromolar range. The inhibitory activity varied depending on the number and position of the phenolic hydroxyl groups, and among different hydroxyanthraquinones examined, 1,4,5,8-tetrahydroxyanthraquinone strongly inhibited NS3 helicase with an IC50 value of 6 μM. Furthermore, hypericin and sennidin A, which both have two hydroxyanthraquinone-like moieties, were found to exert even stronger inhibition with IC50 values of 3 and 0.8 μM, respectively. These results indicate that the hydroxyanthraquinone moiety can inhibit NS3 helicase and suggest that several key chemical structures are important for the inhibition.

Direct Measurement of Local Dissolved Oxygen Concentration Spatial Profiles in a Cell Culture Environment

Y. Kagawa, K. Matsuura, T. Shimizu, S. Tsuneda

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING査読有り112(6)p.1263 - 12742015年06月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：0006-3592

Mathematical modeling of dormant cell formation in growing biofilm

K. Chihara, S. Matsumoto, Y. Kagawa, S. Tsuneda

FRONTIERS IN MICROBIOLOGY査読有り6(534)p.1 - 82015年05月-

ISSN：1664-302X

Phosphorylated 5-ethynyl-2′-deoxyuridine for advanced DNA labeling

Seo, Siyoong; Seo, Siyoong; Onizuka, Kazumitsu; Nishioka, Chieko; Takahashi, Eiki; Tsuneda, Satoshi; Abe, Hiroshi; Abe, Hiroshi; Ito, Yoshihiro; Ito, Yoshihiro; Ito, Yoshihiro

Organic and Biomolecular Chemistry査読有り13(15)p.4589 - 45952015年04月-2015年04月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）ISSN：14770520

概要：© 2015 The Royal Society of Chemistry. The representative DNA-labeling agent 5-ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) was chemically modified to improve its function. Chemical monophosphorylation was expected to enhance the efficiency of the substrate in DNA polymerization by circumventing the enzymatic monophosphorylation step that consumes energy. In addition, to enhance cell permeability, the phosphates were protected with bis-pivaloyloxymethyl that is stable in buffer and plasma, and degradable inside various cell types. The phosphorylated EdU (PEdU) was less toxic than EdU, and had the same or a slightly higher DNA-labeling ability in vitro. PEdU was also successfully applied to DNA labeling in vivo. In conclusion, PEdU can be used as a less toxic DNA-labeling agent for studies that require long-term cell survival or very sensitive cell lines.

Melting Curve Analysis after T Allele Enrichment (MelcaTle) as a Highly Sensitive and Reliable Method for Detection of JAK2V617F Mutation

S. Morishita, K. Takahashi, M. Araki, Y. Hironaka, Y. Sunami, Y. Edahiro, M.Tsutsui, A. Ohsaka, S. Tsuneda, N. Komatsu

PLoS ONE査読有り10(3)p.e01220032015年03月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Strengthening of the Intestinal Epithelial Tight Junction by Bifidobacterium bifidum

Physiological Reports査読有り3(3)p.e123272015年03月-

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Modeling the Nutrient Removal Process in Aerobic Granular Sludge System by Coupling the Reactor- and Granule-Scale Models

Y. Kagawa, J. Tahata, N. Kishida, S. Matsumoto, C. Picioreanu, M.C.M. van Loosdrecht, S. Tsuneda

Biotechnol. Bioeng.112(1)p.53 - 642015年01月-

Isolation of Sublineage I Nitrospira by a Novel Cultivation Strategy

H. Fujitani, N. Ushiki, S. Tsuneda, Y. Aoi

Environ. Microbiol.16(10)p.3030 - 30402014年10月-

Detection of MPLW515L/K Mutations and Determination of Allele Frequencies with a Single-Tube PCR Assay

H. Takei, S. Morishita, M. Araki, Y. Edahiro, Y. Sunami, Y. Hironaka, N. Noda, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, A. Ohsaka, N. Komatsu

PLoS ONE9(8)p.e1049582014年08月-

Mathematical Modeling of Spatio-Temporal Cellular Dynamics in Colonic Crypts Following Irradiation

T. Murano, Y. Kagawa, S. Tsuneda

Cell Proliferation47(4)p.347 - 3552014年08月-

Phosphorylated Gelatin to Enhance Cell Adhesion to Titanium

S.-H. Park, L. Zhu, S. Tada, S. Obuse, Y. Yoshida, M. Nakamura, T.I. Son, S. Tsuneda, Y. Ito

Polymer International63p.1616 - 16192014年07月-

JAK2V617F Mutation Status and Allele Burden in Classical Ph-Negative Myeloproliferative Neoplasms in Japan

Y. Edahiro, S. Morishita, K. Takahashi, Y. Hironaka, Y. Yahata, Y. Sunami, S. Shirane, M. Tsutsui, M. Noguchi, M. Koike, K. Imai, K. Kirito, N. Noda, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, A. Ohsaka, M. Araki, N. Komatsu

Int. J. Hematology99(5)p.625 - 6342014年05月-

PBDE: Structure-Activity Studies for the Inhibition of Hepatitis C Virus NS3 Helicase

K. A. Salam, A. Furuta, N. Noda, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, A. Yamashita, K. Moriishi, M. Nakakoshi, H. Tani, J. Tanaka, M. Tsubuki, N. Akimitsu

Molecules19(4)p.4006 - 40202014年04月-

Cholesterol Sulfate as a Potential Inhibitor of Hepatitis C Virus NS3 Helicase

A. Furuta, K. A. Salam, N. Akimitsu, J. Tanaka, H. Tani, A. Yamashita, K. Moriishi, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, N. Noda

J. Enzym. Inhib. Med. Chem.29(2)p.223 - 2292014年02月-

Modeling of Stem Cell Dynamics in Human Colonic Crypts in silico

Y. Kagawa, N. Horita, H. Taniguchi, S. Tsuneda

Journal of Gastroenterology49p.263 - 2692014年02月-

Identification and Biochemical Characterization of Halisulfate 3 and Suvanine as Novel Inhibitors of Hepatitis C Virus NS3 Helicase from a Marine Sponge

A. Furuta, K. A. Salam, I. Hermawan, N. Akimitsu, J. Tanaka, H. Tani, A. Yamashita, K. Moriishi, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, P. W. Peng, Y. Suzuki, N. Yamamoto, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, N. Noda

Marine Drugs12p.462 - 4762014年01月-

Applicability of a Sequencing Batch Membrane Biofilm Reactor for Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal from Low C/N Ratio Wastewater

A. Terada, J. ito, S. Matsumoto, S. Tsuneda

J. Water Environ. Technol.11(6)p.488 - 4962013年12月-

Psammaplin A Inhibits Hepatitis C Virus NS3 Helicase

K. A. Salam, A. Furuta, N. Noda, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, A. Yamashita, K. Moriishi, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, H. Tani, J. Tanaka, N. Akimitsu

J. Nat. Med.67(4)p.765 - 7722013年09月-

Isolation of Nitrospira Belonging to Sublineage II from a Wastewater Treatment Plant

N. Ushiki, H. Fujitani, Y. Aoi, S. Tsuneda

Microbes and Environments28(3)p.346 - 3532013年09月-

Complete Autotrophic Denitrification in a Single Reactor Using Nitritation and Anammox Gel Carriers

K. Isaka, Y. Kimura, T. Yamamoto, T. Osaka, S. Tsuneda

Bioresource Technol.147p.96 - 1012013年08月-

Selective Enrichment of Two Different Types Nitrospira-like Nitrite-Oxidizing　Bacteria from a Wastewater Treatment Plant

H. Fujitani, Y. Aoi, S. Tsuneda

Microbes and Environments28(2)p.236 - 2432013年06月-

Detection of Pre-mRNA Splicing in vitro by an RNA-Templated Fluorogenic Reaction

Y. Tamura, K. Furukawa, R. Yoshimoto, Y. Kawai, M. Yoshida, S. Tsuneda, Y. Ito, H. Abe

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters22(23)p.7248 - 72512012年12月-

複合微生物系の挙動を表現可能な数理モデル

松本慎也，加川友己，常田聡

化学工学76(11)p.671 - 6732012年11月-

Inhibition of Both Protease and Helicase Activities of Hepatitis C Virus NS3 by an Ethyl Acetate Extract of Marine Sponge Amphimedon sp.

Y. Fujimoto, K. A. Salam, A. Furuta, Y. Matsuda, O. Fujita, H. Tani, M. Ikeda, N. Kato, N. Sakamoto, S. Maekawa, N. Enomoto, N. J. de Voogd, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, N. Akimitsu, N. Noda, A. Yamashita, J. Tanaka, K. Moriishi

PLoS One7(11)p.e486852012年11月-

High-Rate Denitrification Using Polyethylene Glycol Gel Carriers Entrapping Heterotrophic Denitrifying Bacteria

K. Isaka, Y. Kimura, T. Osaka, S. Tsuneda

Water Res.46(16)p.4941 - 49482012年11月-

Temperature Dependence for Anammox Bacteria Enriched from Freshwater Sediments

T. Osaka, Y. Kimura, Y. Otsubo, Y. Suwa, S. Tsuneda, K. Isaka

J. Biosci. Bioeng.114(4)p.429 - 4342012年10月-

The Effect of Surface Charge Property on Escherichia coli Initial Adhesion and Subsequent Biofilm Formation

A. Terada, K. Okuyama, M. Nishikawa, S. Tsuneda, M. Hosomi

Biotechnol. Bioeng.109(7)p.1745 - 17542012年07月-

還元反応を引き金とするoff/on型蛍光プローブを用いたRNA検出法の開発

阿部洋，柴田綾，古川和寛，常田聡，伊藤嘉浩

化学と生物50(7)p.540 - 5442012年07月-

Challenge for Formation of Aerobic Granular Sludge in a Continuous-Flow Reactor

N. Kishida, R. Totsuka, S. Tsuneda

J. Water Environ. Technol.10(2)p.79 - 862012年06月-

Inhibition of Hepatitis C Virus NS3 Helicase by Manoalide

K. A. Salam, A. Furuta, N. Noda, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, A. Yamashita, K. Moriishi, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, H. Tani, J. Tanaka, N. Akimitsu

J. Nat. Prod.75(4)p.650 - 6542012年04月-

システム論的アプローチによる複合微生物系の解析と制御

松本慎也，常田　聡

生物工学90(4)p.160 - 1642012年04月-

Inhibition of Hepatitis C Virus Replication and Viral Helicase by Ethyl Acetate Extract of the Marine Feather Star Alloeocomatella polycladia

A. Yamashita, K. A. Salam, A. Furuta, Y. Matsuda, O. Fujita, H. Tani, Y. Fujita, Y. Fujimoto, M. Ikeda, N. Kato, N. Sakamoto, S. Maekawa, N. Enomoto, M. Nakakoshi, M. Tsubuki, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, N. Akimitsu, N. Noda, J. Tanaka, K. Moriishi

Marine Drugs10p.744 - 7612012年03月-

Formation of Nitrifying Granules Using a Continuous Stirred Tank Reactor

N. Kishida, Y. Yamashita, S. Tsuneda

J. Water Environ. Technol.10(1)p.47 - 552012年03月-

Rapid Start-up of a Nitrifying Reactor Using Aerobic Granular Sludge as Seed Sludge

N. Kishida, G. Saeki, S. Tsuneda, R. Sudo

Water Sci. Technol.65(3)p.581 - 5872012年01月-

Quantitative Detection of Cryptosporidium Oocyst in Water Source Based on 18S rRNA by Alternately Binding Probe Competitive Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (ABC-RT-PCR)

N. Kishida, R. Miyata, A. Furuta, S. Izumiyama, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, N. Noda, M. Akiba

Water Res.46(1)p.187 - 1942012年01月-

Fluorescent Detection of Intron Lariat RNAs with Reduction-Triggered Fluorescence Probes

K. Furukawa, H. Abe, Y. Tamura, R. Yoshimoto, M. Yoshida, S. Tsuneda, Y. Ito

Angew. Chem. Int. Ed.50(50)p.12020 - 120232011年12月-

Synthesis, Structure, and Biological Activity of Dumbbell-Shaped Nanocircular RNAs for RNA Interference

N. Abe, H. Abe, C. Nagai, M. Harada, H. Hatakeyama, H. Harashima, T. Ohshiro, M. Nishihara, K. Furukawa, M. Maeda, S. Tsuneda, Y. Ito

Bioconjugate Chem.22(10)p.2082 - 20922011年12月-

Alternately Binding Probe Competitive PCR as a Simple, Cost-Effective, and Accurate Quantification Method for JAK2V617F Allele Burden in Myeloproliferative Neoplasms

S. Morishita, N. Komatsu, K. Kirito, A. H. Koda, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda, N. Noda

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Significance of Reactor Type for High-Rate Nitrification Using Aerobic Granular Sludge

Y. Hasebe, M. Eguchi, H. Meguro, S. Tsuneda

J. Water Environ. Technol.9(3)p.289 - 2962011年09月-

包括固定化担体を用いた脱窒システムの開発

井坂和一，安部直樹，木村裕哉，渡部雅智，大坂利文，常田聡

日本水処理生物学会誌47(2)p.67 - 742011年06月-

Enhancing Nitrogen and Phosphorus Removal in an Anaerobic/Oxic/Anoxic Sequencing Batch Reactor: The Dependence of the Amount of External Carbon

K. Soejima, A. Terada, K. Naraki, S. Tsuneda

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The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers

H. Obokata, K. Kojima, K. Westerman, M. Yamato, T. Okano, S. Tsuneda, C.A. Vacanti

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ゼオライろ床と植栽を組み合わせた里川再生技術の実河川への適用と維持管理

木持謙，金澤光，真下敏明，正田武則，常田聡，関根正人，榊原豊

用水と廃水53(2)p.141 - 1492011年02月-

Application of Nitrifying Granules to Improvement of Nitrification Activity in Activated Sludge Process

N. Kishida, R. Totsuka, A. Kono, M. Kurasawa, M. Ogiwara, S. Tsuneda

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Behavior of Polymeric Substrates in an Aerobic Granular Sludge System

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Formation of Aerobic Granular Sludge in a Continuous Flow Reactor - Control Strategy for Selection of Well-Settling Granular Sludge -

N. Kishida, A. Kono, Y. Yamashita, S. Tsuneda

J. Water Environ. Technol.8(3)p.251 - 2582010年09月-

Microbial Population Dynamics and Community Structure during Formation of Nitrifying Granule Treating Ammonia-Rich Inorganic Wastewater

S. Matsumoto, D. Ishikawa, G. Saeki, Y. Aoi, S. Tsuneda

Microbes and Environments25(3)p.164 - 1702010年09月-

Direct Cloning and Expression of Putative Esterase Genes from Environmental DNA

T. Terahara, K. Yamada, S. Kurata, T. Yokomaku, S. Tsuneda, S. Harayama

Enzyme Microb. Technol.47(1-2)p.17 - 232010年07月-

New Monitoring Approach for Metabolic Dynamics in Microbial Ecosystems Using Stable-Isotope-Labeling Technologies

Y. Date, Y. Nakanishi, S. Fukuda, T. Kato, S. Tsuneda, H. Ohno, J. Kikuchi

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単一槽型窒素除去を志向したバイオフィルムリアクターの進展

寺田昭彦，常田聡

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好気性グラニュールを用いた新しい水処理技術

岸田直裕，常田聡

月刊浄化槽406p.14 - 182010年02月-

Transitions in Oral and Intestinal Microflora Composition and Innate Immune Receptor-Dependent Stimulation during Mouse Development

M. Hasegawa, T. Osaka, K. Tawaratsumida, T. Yamazaki, H. Tada, R. Mu?oz-Planillo, S. Tsuneda, G. Nu?ez, N. Inohara

Infect. Immun.78(2)p.639 - 6502010年02月-

Quantitative detection of chloroethene-reductive bacteria Dehalococcoides spp. using alternately binding probe competitive polymerase chain reaction

Miyata, Ryo;Adachi, Ken;Tani, Hidenori;Kurata, Shinya;Nakamura, Kazunori;Tsuneda, Satoshi;Sekiguchi, Yuji;Noda, Naohiro

MOLECULAR AND CELLULAR PROBES24(3)p.131 - 1372010年-2010年

ISSN：0890-8508

Photoactivatable fluorescein derivatives with azidomethyl caging groups for tracing oligonucleotides in living human cells

Furukawa, Kazuhiro;Abe, Hiroshi;Tsuneda, Satoshi;Ito, Yoshihiro

ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY8(10)p.2309 - 23112010年-2010年

ISSN：1477-0520

Real-time monitoring of RNA helicase activity using fluorescence resonance energy transfer in vitro

Tani, Hidenori;Fujita, Osamu;Furuta, Atsushi;Matsuda, Yasuyoshi;Miyata, Ryo;Akimitsu, Nobuyoshi;Tanaka, Junichi;Tsuneda, Satoshi;Sekiguchi, Yuji;Noda, Naohiro

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS393(1)p.131 - 1362010年-2010年

ISSN：0006-291X

Microbial Community Structure in Autotrophic Nitrifying Granules Characterized by Experimental and Simulation Analyses

S. Matsumoto, M. Katoku, G. Saeki, A. Terada, Y. Aoi, S. Tsuneda, C. Picioreanu, M.C.M. van Loosdrecht

Environ. Microbiol.12(1)p.192 - 2062009年12月-

Reduction-Triggered Fluorescence Probe for Peptide-Templated Reactions

A. Shibata, H. Abe, K. Furukawa, S. Tsuneda, Y. Ito

Chem. Pharm. Bull.57(11)p.1223 - 12262009年11月-

Characterization of the Microbial Community in the Anaerobic/Oxic/Anoxic Process Combined with Sludge Ozonation and Phosphorus Adsorption

T. Kondo, S. Tsuneda, Y. Ebie, Y. Inamori, K. Xu

J. Water Environ. Technol.7(3)p.155 - 1622009年09月-

Fibrous Support Stabilizes Nitrification Performance of a Membrane-Aerated Biofilm: The Effect of Liquid Flow Perturbation

A. Terada, J. Ito, S. Matsumoto, S. Tsuneda

J. Chem. Eng. Jpn.42(8)p.607 - 6152009年08月-

Universal Quenching Probe System: Flexible, Specific, and Cost-Effective Real-Time PCR Method

H. Tani, R. Miyata, K. Ichikawa, S. Morishita, S. Kurata, K. Nakamura, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, N. Noda

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Affinity Capillary Electrophoresis with Magnetic Beads for Multiplex Quantitative Analysis of Bacterial 16S rRNA

K. Adachi, M. Yamaguchi, M. Nakashige, T. Kanagawa, M. Torimura, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, N. Noda

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Hollow Fiber Membrane Chamber as a Device for in situ Environmental Cultivation

Y. Aoi, T. Kinoshita, T. Hata, H. Ohta, H. Obokata, S. Tsuneda

Appl. Environ. Microbiol.75(11)p.3826 - 38332009年06月-

Improvement of Nutrient Removal and Phosphorus Recovery in the Anaerobic/Oxic/Anoxic Process Combined with Sludge Ozonation and Phosphorus Adsorption

T. Kondo, S. Tsuneda, Y. Ebie, Y. Inamori, K. Xu

J. Water Environ. Technol.7(2)p.135 - 1422009年06月-

Reduction-Triggered Fluorescent Amplification Probe for Detection of Endogenous RNAs in Living Human Cells

K. Furukawa, H. Abe, K. Hibino, Y. Sako, S. Tsuneda, Y. Ito

Bioconjugate Chem.20(5)p.1026 - 10362009年05月-

新規分離培養手法の開発とその意義

青井議輝，常田聡

生物工学87(4)p.179 - 1822009年04月-

Reduction-Triggered Red Fluorescent Probes for Dual-Color Detection of Oligonucleotide Sequences

K. Furukawa, H. Abe, J. Wang, M. Uda, H. Koshino, S. Tsuneda, Y. Ito

Org. Biomol. Chem.7(4)p.671 - 6772009年04月-

Real-Time Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification for Rapid and Simple Quantification of WT1 mRNA

S. Morishita, H. Tani, S. Kurata, K. Nakamura, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, N. Noda

Clin. Biochem.42(6)p.515 - 5202009年04月-

Molecular Diversity of Bacterial Chitinases in Arable Soils and the Effects of Environmental Factors on the Chitinolytic Bacterial Community

T. Terahara, S. Ikeda, C. Noritake, K. Minamisawa, K. Ando, S. Tsuneda, S. Harayama

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Microbial Diversity of Anammox Bacteria Enriched from Different Types of Seed Sludge in an Anaerobic Continuous-Feeding Cultivation Reactor

Y. Date, K. Isaka, H. Ikuta, T. Sumino, N. Kaneko, S. Yoshie, S. Tsuneda, Y. Inamori

J. Biosci. Bioeng.107(3)p.281 - 2862009年03月-

Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal from High-Strength Industrial Wastewater Using Aerobic Granular Sludge

N. Kishida, S. Tsuneda, J.H. Kim, R. Sudo

J. Environ. Eng.135(3)p.153 - 1582009年03月-

High-Throughput Screening Assay of Hepatitis C Virus Helicase Inhibitors Using Fluorescence-Quenching Phenomenon

H. Tani, N. Akimitsu, O. Fujita, Y. Matsuda, R. Miyata, S. Tsuneda, M. Igarashi, Y. Sekiguchi, N. Noda

Biochem. Biophys. Res. Comm.379(4)p.1054 - 10592009年02月-

Anaerobic Ammonium Oxidation (Anammox) Irreversibly Inhibited by Methanol

K. Isaka, Y. Suwa, Y. Kimura, T. Yamagishi, T. Sumino, S. Tsuneda

Appl. Microbiol. Biotechnol.81(2)p.379 - 3852008年11月-

Microbial Community of Anammox Bacteria Immobilized in Polyethylene Glycol Gel Carrier

Y. Date, K. Isaka, T. Sumino, S. Tsuneda, Y. Inamori

Water Sci. Technol.58(5)p.1121 - 11282008年10月-

Subcutaneous Transplantation of Autologous Oral Mucosal Epithelial Cell Sheets Fabricated on Temperature-Responsive Culture Dishes

H. Obokata, M. Yamato, K. Nishida, S. Tsuneda. T. Okano

J. Biomed. Mater. Res. A86A(4)p.1088 - 10962008年09月-

Tertiary Treatment of Domestic Wastewater Using Zeolite Ceramics and Aquatic Plants

Y. Kimochi, T. Masada, Y. Mikami, S. Tsuneda, R. Sudo

Water Sci. Technol.58(4)p.847 - 8512008年09月-

Real-Time Control Strategy for Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal Using Aerobic Granular Sludge

N. Kishida, S. Tsuneda, Y. Sakakibara, J.H. Kim, R. Sudo

Water Sci. Technol.58(2)p.445 - 4502008年08月-

Fluorescence Generation from Tandem Repeats of a Malachite Green RNA Aptamer Using Rolling Circle Transcription

K. Furukawa, H. Abe, N. Abe, M. Harada, S. Tsuneda, Y. Ito

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters18(16)p.4562 - 45652008年08月-

Effects of Carbon Source on Denitrification Efficiency and Microbial Community Structure in a Saline Wastewater Treatment Process

T. Osaka, K. Shirotani, S. Yoshie, S. Tsuneda

Water Res.42(14)p.3709 - 37182008年08月-

ダンベル型ナノサークルRNAでRNA干渉を長期安定に

阿部洋，阿部奈保子，原田充，常田聡，伊藤嘉浩

バイオサイエンスとインダストリー66(8)p.453 - 4552008年08月-

水処理プロセスにおけるリン資源の除去・廃棄から回収・資源化へのパラダイムシフト

蛯江美孝，近藤貴志，徐　　開欽，常田　　聡，杉浦則夫，丸山　　治，稲森　悠平

ケミカルエンジニヤリング53(7)p.530 - 5352008年07月-

A Reduction-Triggered Fluorescence Probe for Sensing Nucleic Acids

H. Abe, J. Wang, K. Furukawa, K. Oki, M. Uda, S. Tsuneda, Y. Ito

Bioconjugate Chem.19(6)p.1219 - 12262008年06月-

細胞内遺伝子シグナルの解析

阿部洋，古川和寛，常田聡，伊藤嘉浩

生物工学86(5)p.268 - 2702008年06月-

Modeling and Experimental Study on the Anaerobic/Aerobic/Anoxic Process for Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal: The Effect of Acetate Addition

K. Soejima, S. Matsumoto, S. Ogushi, K. Naraki, A. Terada, S. Tsuneda, A. Hirata

Process Biochem.43(6)p.605 - 6142008年06月-

DNA Microarray Mediated Transcriptional Profiling of Nitrosomonas europaea in Response to Linear Alkylbenzene Sulfonates

H. Urakawa, J. Matsumoto, K. Inaba, S. Tsuneda

FEMS Microbiol. Lett.282(2)p.166 - 1732008年05月-

Identification of the Bacterial Community Involved in Methane-Dependent Denitrification in Activated Sludge Using DNA Stable-Isotope Probing

T. Osaka, Y. Ebie, S. Tsuneda, Y Inamori

FEMS Microbiol. Ecology64(3)p.494 - 5062008年05月-

Nitrogen Removal Performance Using Anaerobic Ammonium Oxidation at Low Temperatures

K. Isaka, Y. Date, Y. Kimura, T. Sumino, S. Tsuneda

FEMS Microbiol. Lett.282(1)p.32 - 382008年05月-

Retrieval of Entire Genes from Environmental DNA by Inverse PCR with Pre-Amplification of Target Genes Using Primers Containing Locked Nucleic Acids

K. Yamada, T. Terahara, S. Kurata, T. Yokomaku, S. Tsuneda, S. Harayama

Environ. Microbiol.10(4)p.978 - 9872008年04月-

Rhodamine-Based Fluorogenic Probe for Imaging Biological Thiol

A. Shibata, K. Furukawa, H. Abe, S. Tsuneda, Y. Ito

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters18(7)p.2246 - 22492008年04月-

Novel Nitritation Process Using Heat-Shocked Nitrifying Bacteria Entrapped in Gel Carrier

K. Isaka, T. Sumino, S. Tsuneda

Process Biochem.43(3)p.265 - 2702008年03月-

微生物固定化のための膜の改質と水処理分野への適用

常田聡，寺田昭彦

膜33(2)p.54 - 622008年03月-

Estimation of Single-Nucleotide Polymorphism Allele Frequency by Alternately Binding Probecompetitive Polymerase Chain Reaction (ABC-PCR)

H. Tani, N. Morita, S. Kurata, K. Nakamura, T. Kanagawa, S. Tsuneda, Y. Sekiguchi, N. Noda

Anal. Chim. Acta608(2)p.211 - 2162008年02月-

Low Temperature Decreases Phylogenetic Diversity of Ammonia-Oxidizing Archaea and Bacteria in Aquarium Biofiltration Systems

H. Urakawa, Y. Tajima, Y. Numata, S. Tsuneda

Appl. Environ. Microbiol.74(3)p.894 - 9002008年02月-

Rapid DNA Chemical Ligation for Amplification of RNA and DNA Signal

H. Abe, Y. Kondo, H. Jinmei, N. Abe, K. Furukawa, A. Uchiyama, S. Tsuneda, K. Aikawa, I. Matsumoto, Y. Ito

Bioconjugate Chem.19(1)p.327 - 3332008年01月-

Psg18 is specifically expressed in follicle-associated epithelium

K. Kawano, M. Ebisawa, K. Hase, S. Fukuda, A. Hijikata, S. Kawano, Y. Date, S. Tsuneda, K. Itoh, H. Ohno

Cell Struct. Funct.32(2)p.115 - 1262007年12月-

Ammonium Removal Performance of Anaerobic Ammonium-Oxidizing Bacteria Immobilized in Polyethylene Glycol Gel Carrier

K. Isaka, Y. Date, T. Sumino, S. Tsuneda

Appl. Microbiol. Biotechnol.76(6)p.1457 - 14652007年10月-

Modeling of Membrane-Aerated Biofilm for Feasibility Study of Simultaneous Nitrification and Denitrification

S. Matsumoto, A. Terada, S. Tsuneda

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Nitrification of Landfill Leachate Using Immobilized Nitrifying Bacteria at Low Temperatures

K. Isaka, S. Yoshie, T. Sumino, Y. Inamori, S. Tsuneda

Biochem. Eng. J.37(1)p.49 - 552007年10月-

リン回収技術の現状と将来展望

蛯江美孝，近藤貴志，徐開欽，常田聡，稲森悠平

再生と利用30(117)p.6 - 102007年10月-

細胞内遺伝子発現検出用の蛍光バイオプローブの設計と合成

阿部洋，古川和寛，常田聡，伊藤嘉浩

蛋白質拡散酵素52(13)p.1619 - 16242007年10月-

Analysis of the Relationship between Ammonia Oxidizing Bacterial Populations and Nitrification Efficiency in Full-Scale Advanced Johkasou Using Different Structured Carriers by Real-Time PCR

G. Nakagawa, Y. Ebie, S. Tsuneda, M. Matsumura, Y. Inamori

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Calibration-Curve-Free Quantitative PCR: A Quantitative Method for Specific Nucleic Acid Sequences without Using Calibration Curves

H. Tani, T. Kanagawa, N. Morita, S. Kurata, K. Nakamura, S. Tsuneda, N. Noda

Anal. Biochem.369(1)p.105 - 1112007年09月-

Diversity of Nitrite Reductase Genes in Accumulibacter phosphatis Dominant Cultures Enriched by Flow-Cytometric Sorting

R. Miyauchi, K. Oki, Y. Aoi, S. Tsuneda

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Technique for Quantitative Detection of Specific DNA Sequences Using Alternately Binding Quenching Probe Competitive Assay Combined with Loop-Mediated Isothermal Amplification

H. Tani, T. Teramura, K. Adachi, S. Tsuneda, S. Kurata, K. Nakamura, T. Kanagawa, N. Noda

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Detection of Defluvicoccus-Relative Glycogen-Accumulating Organisms in Enhanced Biological Phosphorus Removal Processes

T. Kondo, Y. Ebie, S. Tsuneda, Y. Inamori

Microbes and Environments22(2)p.190 - 1952007年06月-

Direct Profiling of rRNA in Saline Wastewater Treatment Samples Using an Oligonucleotide Microarray

H. Urakawa, J. Matsumoto, T. Hoshino, S. Tsuneda

Microbes and Environments22(2)p.116 - 1222007年06月-

Experimental and Simulation Analysis of Community Structure of Nitrifying Bacteria in a Membrane-Aerated Biofilm

S. Matsumoto, A. Terada, Y. Aoi, S. Tsuneda, E. Alpkvist, C. Picioreanu, M.C.M. van Loosdrecht

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High Nitrogen Removal Performance at Moderately Low Temperature Utilizing Anaerobic Ammonium Oxidation Reactions

K. Isaka, T. Sumino, S. Tsuneda

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RNA Microarray for Estimating Relative Abundance of 16S rRNA in Microbial Communities

T. Hoshino, K. Furukawa, S. Tsuneda, Y. Inamori

J. Microb. Methods69(2)p.406 - 4102007年05月-

Redox-Stratification Controlled Biofilm (ReSCoBi) for Completely Autotrophic Nitrogen Removal: The Effect of Co- versus Counter-Diffusion on Reactor Performance

A. Terada, S. Lackner, S. Tsuneda, B. F. Smets

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シミュレーションによるバイオフィルムシステム解析の進展

松本慎也，青井議輝，常田聡

ケミカルエンジニヤリング52(5)p.359 - 3632007年05月-

Use of Real-Time PCR to Examine the Relationship between Ammonia Oxidizing Bacterial Populations and Nitrogen Removal Efficiency in a Small Decentralized Treatment System "Johkasou"

G. Nakagawa, Y. Ebie, S. Tsuneda, M. Matsumura, Y. Inamori

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ゼオライト成形体の導入による高機能窒素除去型の植栽水質浄化法の開発

木持謙，正田武則，三上恭弘，常田聡

月刊「水」May-49(700)p.27 - 322007年04月-

Characterization of the High-Density Bacteria in Biological Phosphorus Removal Process by Using Buoyant Density Separation

T. Kondo, Y. Ebie, S. Tsuneda, Y. Inamori

Jpn. J. Water Treatment Biol.43(1)p.51 - 622007年03月-

Determination of Polyphosphate-Accumulating Organisms Activity in Enhanced Biological Phosphorus Removal Using Conventional Methods and Microautoradiograly-FISH

T. Kondo, Y. Ebie, S. Tsuneda, Y. Inamori

Jpn. J. Water Treatment Biol.43(1)p.19 - 292007年03月-

Quantitative Method for Specific Nucleic Acid Sequences Using Competitive Polymerase Chain Reaction with an Alternately Binding Probe

H. Tani, T. Kanagawa, S. Kurata, T. Teramura, K. Nakamura, S. Tsuneda, N. Noda

Anal. Chem.79(3)p.974 - 9792007年02月-

Bacterial Adhesion to and Viability on Positively Charged Polymer Surfaces

A. Terada, A. Yuasa, T. Kushimoto, S. Tsuneda, A. Katakai, M. Tamada

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Comprehensive Analysis of Cell Wall Permeabilizing Conditions for Highly Sensitive Fluorescence In Situ Hybridization

K. Furukawa, T. Hoshino, S. Tsuneda, Y. Inamori

Microbes and Environments21(4)p.227 - 2342006年12月-

Effects of Acetate and Nitrite Addition on Fraction of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms and Nutrient Removal Efficiency in Anaerobic/Aerobic/Anoxic Process

K. Soejima, K. Oki, A. Terada, S. Tsuneda, A. Hirata

Bioproc. Biosyst. Eng.29(5)p.305 - 3132006年12月-

電気泳動による微生物固定化空間内の基質輸送の促進と脱窒反応の向上

常田聡，賀來周一，林浩志，大串聡，寺田昭彦，平田彰

化学工学論文集32(6)p.507 - 5132006年12月-

生物学的リン除去プロセスの最新動向

近藤貴志，常田聡

化学工学70(11)p.616 - 6202006年11月-

分離培養技術の進展

青井議輝，波多徹，常田聡

生物工学84(11)p.444 - 4472006年11月-

Identification of Acetate- or Methanol-Assimilating Bacteria under Nitrate-Reducing Conditions by Stable-Isotope Probing

T. Osaka, S. Yoshie, S. Tsuneda, A. Hirata, N. Iwami, Y Inamori

Microbial Ecology52(2)p.253 - 2662006年09月-

Real-Time Quantitative LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification of DNA) as a Simple Method for Monitoring Ammonia-Oxidizing Bacteria

Y. Aoi, M. Hosogai, S. Tsuneda

J. Biotechnol.125(4)p.484 - 4912006年09月-

Highly Sensitive Real-Time PCR Assay for Quantification of Toxic Cyanobacteria Based on Microcystin Synthetase A Gene

K. Furukawa, N. Noda, S. Tsuneda, T. Saito, T. Itayama, Y. Inamori

J. Biosci. Bioeng.102(2)p.90 - 962006年08月-

Molecular Analysis of Halophilic Bacterial Community for High-Rate Denitrification of Saline Industrial Wastewater

S. Yoshie, H. Makino, H. Hirosawa, K. Shirotani, S. Tsuneda, A. Hirata

Appl. Microbiol. Biotechnol.72(1)p.182 - 1892006年08月-

Rapid Autohydrogenotrophic Denitrification by a Membrane Biofilm Reactor Equipped with a Fibrous Support around a Gas-Permeable Membrane

A. Terada, S. Kaku, S. Matsumoto, S. Tsuneda

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好気性グラニュールを用いた水処理技術

岸田直裕，常田聡

水処理技術47(8)p.349 - 3552006年08月-

Anaerobic/Oxic/Anoxic Granular Sludge Process as an Effective Nutrient Removal Process Utilizing Denitrifying Polyphosphate-Accumulating Organisms

N. Kishida, J.H. Kim, S. Tsuneda, R. Sudo

Water Res.40(12)p.2303 - 23102006年07月-

Sequencing Batch Membrane Biofilm Reactor for Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal: Novel Application of Membrane-Aerated Biofilm

A. Terada, T. Yamamoto, S. Tsuneda, A. Hirata

Biotechnol. Bioeng.94(4)p.730 - 7392006年06月-

Evaluation of Sludge Reduction and Phosphorus Recovery Efficiencies in a New Advanced Wastewater Treatment System Using Denitrifying Polyphosphate Accumulating Organisms

Y. Suzuki, T. Kondo, K. Nakagawa, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Shimizu, Y. Inamori

Water Sci. Technol.53(6)p.107 - 1132006年05月-

マイクロバブル化オゾン酸化法および吸着脱リン法を組み込んだ新しい資源循環型排水処理システム

鈴木康之，近藤貴志，常田聡，稲森悠平

用水と廃水48(5)p.424 - 4312006年05月-

Affinity Capillary Electrophoresis with a DNA-nanoparticle Conjugate as a New Tool for Genotyping

K. Adachi, N. Noda, M. Nakashige, S. Tsuneda, T. Kanagawa

J. Chromatogr. A1109(2)p.127 - 1312006年03月-

Characteristics of Bacteria Showing High Denitrification Activity in Saline Wastewater

S. Yoshie, T. Ogawa, H. Makino, H. Hirosawa, S. Tsuneda, A. Hirata

Lett. Appl. Microbiol.42(3)p.277 - 2832006年03月-

Growth Characteristic of Anaerobic Ammonium-Oxidizing Bacteria in an Anaerobic Biological Filtrated Reactor

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Appl. Microbiol. Biotechnol.70(1)p.47 - 522006年03月-

High-Rate Nitrification Using Aerobic Granular Sludge

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Water Sci. Technol.53(3)p.147 - 1542006年03月-

Long-Term Monitoring of the Succession of a Microbial Community in Activated Sludge from a Circulation Flush Toilet as a Closed System

T. Hoshino, T. Terahara, K. Yamada, H. Okuda, I. Suzuki, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

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Recovery of Sb(V) Using a Functional-Ligand-Containing Porous Hollow-Fiber Membrane Prepared by Radiation-Induced Graft Polymerization

H. Kawakita, K. Uezu, S. Tsuneda, K. Saito, M. Tamada, T. Sugo

Hydrometallurgy81(3,4)p.190 - 1962006年03月-

Feasibility of a Membrane-Aerated Biofilm Reactor to Achieve Controllable Nitrification

A. Terada, T. Yamamoto, R. Igarashi, S. Tsuneda, A. Hirata

Biochem. Eng. J.28(2)p.123 - 1302006年02月-

Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal Using Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms in a Sequencing Batch Reactor

S. Tsuneda, T. Ohno, K. Soejima, A. Hirata

Biochem. Eng. J.27(3)p.191 - 1962006年01月-

ナノパーティクルを用いたアフィニティーキャピラリー電気泳動法による特定遺伝子の新規な検出手法の開発

足立賢，野田尚宏，中繁誠人，常田聡，金川貴博

化学工学シンポジウムシリーズ79p.106 - 1102006年01月-

生物学的窒素・リン除去プロセスにおける微生物生態と機能

近藤貴志，大坂利文，青井議輝，常田聡

用水と廃水48(1)p.53 - 602006年01月-

Molecular Analysis of Microbial Population Transition Associated with the Start of Denitrification in a Wastewater Treatment Process

T. Hoshino, T. Terahara, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

J. Appl. Microbiol.99(5)p.1165 - 11752005年11月-

繊維化スラグの複合的利用による低濃度重金属汚染水処理

常田聡，酒井寿郎，林浩志

水環境学会誌28(11)p.651 - 6552005年11月-

Comparison of Spatial Organization in Top-down- and Membrane-aerated Biofilms: A Numerical Study

A. Bell, Y. Aoi, A. Terada, S. Tsuneda, A. Hirata

Water Sci. Technol.52(7)p.173 - 1802005年10月-

窒素除去プロセスにおける複合微生物系解析とその利用

青井議輝，大坂利文，常田聡

水環境学会誌28(8)p.474 - 4782005年08月-

Single-Stage Autotrophic Nitrogen-Removal Process Using a Composite Matrix Immobilizing Nitrifying and Sulfur-Denitrifying Bacteria

Y. Aoi, Y. Shiramasa, E. Kakimoto, S. Tsuneda, A. Hirata, T. Nagamune

Appl. Microbiol. Biotechnol.68(1)p.124 - 1302005年07月-

Elucidation of Dominant Effect on Initial Bacterial Adhesion onto Polymer Surfaces Prepared by Radiation-Induced Graft Polymerization

A. Terada, A. Yuasa, S. Tsuneda, A. Hirata, A. Katakai, M. Tamada

Colloids and Surf. B: Biointerfaces43(2)p.99 - 1072005年06月-

ビール粕成形炭による観賞魚用水槽の水質浄化

岡本裕行，芝田隼次，村山憲弘，山本秀樹，塚元祐二，飯塚梨加，常田聡

環境資源工学52(1)p.25 - 312005年05月-

Characteristics and Applicability of Nitrifying Granules Produced in an Aerobic Upflow Fluidized Bed Reactor

S. Tsuneda, Y. Ejiri, M. Ogiwara, T. Nagano, A. Hirata

Aerobic Granular Sludge, Water Environmental Management Series (WEMS)p.15 - 242005年04月-

Characterization of Denitrifying Polyphosphate-Accumulating Organisms in Activated Sludge Based on Nitrite Reductase Gene

S. Tsuneda, R. Miyauchi, T. Ohno, A. Hirata

J. Biosci. Bioeng.99(4)p.403 - 4072005年04月-

Quantification of Genetically Modified Soybean by Quenching Probe Polymerase Chain Reaction

H. Tani, N. Noda, K. Yamada, S. Kurata, S. Tsuneda, A. Hirata, T. Kanagawa

J. Agric. Food Chem.53(7)p.2535 - 25402005年04月-

Effect of Salinity on Nitrous Oxide Emission in the Biological Nitrogen Removal Process for Industrial Wastewater

S. Tsuneda, M. Mikami, Y. Kimochi, A. Hirata

J. Hazard. Mater.119(1~3)p.93 - 982005年03月-

ステップ流入式嫌気／好気／無酸素プロセスによる窒素・リン同時除去

常田聡，大野高史，副島孝一，平田彰

用水と廃水47(3)p.230 - 2362005年03月-

脱窒性リン蓄積細菌を利用した下水処理技術およびリン資源回収の可能性

常田聡，大野高史，副島孝一，平田彰

環境バイオテクノロジー学会誌4(2)p.95 - 992005年03月-

リアルタイム制御法を用いた新規窒素除去プロセスの開発

岸田直裕，金主鉉，須藤隆一，佐々木弘，常田聡

ケミカルエンジニヤリング50(3)p.108 - 1132005年02月-

Automatic Control Strategy for Biological Nitrogen Removal of Low C/N Wastewater in a Sequencing Batch Reactor

N. Kishida, J.H. Kim, M. Chen, S. Tsuneda, H. Sasaki, R. Sudo

Water Sci. Technol.50(10)p.45 - 502004年12月-

Monitoring the Microbial Population Dynamics at the Start-up Stage of Wastewater Treatment Reactor by Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis Based on 16S rDNA and rRNA Gene Sequences

T. Terahara, T. Hoshino, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

J. Biosci. Bioeng.98(6)p.425 - 4282004年12月-

Quantitative Analysis of amoA mRNA Expression as a New Biomarker of Ammonia Oxidation Activities in a Complex Microbial Community

Y. Aoi, Y. Masaki, S. Tsuneda, A. Hirata

Lett. Appl. Microbiol.39(6)p.477 - 4822004年12月-

硝化グラニュールを利用した高塩濃度産業廃水処理

星野辰彦，広沢英信，松川忠史，小川知幸，江尻慶央，常田聡，平田彰

日本水処理生物学会誌40(4)p.137 - 1422004年12月-

Significance of Cell Electrokinetic Properties Determined by Soft-Particle Analysis in Bacterial Adhesion onto a Solid Surface

S. Tsuneda, H. Aikawa, H. Hayashi, A. Hirata

J. Colloid Interface Sci.279(2)p.410 - 4172004年11月-

Removal of Antimony (III) Using Polyol-Ligand-Containing Porous Hollow-Fiber Membranes

T. Saito, S. Tsuneda, A. Hirata, S. Nishiyama, K. Saito, K. Saito, K. Sugita, K. Uezu, M. Tamada, T. Sugo

Sep. Sci. Technol.39(13)p.3011 - 30222004年09月-

高度リン回収および余剰汚泥減容化を志向した排水処理プロセスの開発および評価

稲森悠平，中川和哉，鈴木康之，近藤貴志，常田聡，平田彰

用水と廃水46(8)p.671 - 6772004年08月-

Expression of amoA mRNA in Wastewater Treatment Processes Examined by Competitive RT-PCR

Y. Aoi, Y. Shiramasa, Y. Masaki, S. Tsuneda, A. Hirata, A. Kitayama, T. Nagamune

J. Biotechnol.111(2)p.111 - 1202004年07月-

Comparative Analysis of Genetic Diversity and Expression of amoA in Wastewater Treatment Process

Y. Ebie, N. Noda, H. Miura, M. Matsumura, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Appl. Microbiol. Biotechnol.64(5)p.740 - 7442004年06月-

Design of 16S rRNA-targeted oligonucleotide probes and microbial community analysis in the denitrification process of a saline industrial wastewater treatment system

S. Yoshie, N. Noda, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

FEMS Microbiol. Lett.235(1)p.183 - 1892004年06月-

Enhancement of Biofilm Formation onto Surface-Modified Hollow-Fiber Membranes and Its Application to a Membrane-Aerated Biofilm Reactor

A. Terada, T. Yamamoto, K. Hibiya, S. Tsuneda, A. Hirata

Water Sci. Technol.49(11,12)p.263 - 2682004年06月-

Formation Mechanism of Nitrifying Granules Observed in an Aerobic Upflow Fluidized Bed (AUFB) Reactor

S. Tsuneda, Y. Ejiri, T. Nagano, A. Hirata

Water Sci. Technol.49(11,12)p.27 - 342004年06月-

Simple Prediction of Oxygen Penetration Depth in Biofilms for Wastewater Treatment

K. Hibiya, J. Nagai, S. Tsuneda, A. Hirata

Biochem. Eng. J.19(1)p.61 - 682004年06月-

Simplified Modeling of Simultaneous Reaction Kinetics of Carbon Oxidation and Nitrification in Biofilm Processes

S. Tsuneda, J. Auresenia, K. Hibiya, A. Hirata

Eng. Life Sci.4(3)p.239 - 2462004年06月-

Structure of polyol-igand-containing polymer brush on the porous membrane for antimony(III) binding

T. Saito, H. Kawakita, K. Uezu, S. Tsuneda, A. Hirata, K. Saito, M. Tamada, T. Sugo

J. Membr. Sci.236(1,2)p.65 - 712004年06月-

Transition of Bacterial Spatial Organization in a Biofilm Monitored by FISH and Subsequent Image Analysis

Y. Aoi, S. Tsuneda, A. Hirata

Water Sci. Technol.49(11,12)p.365 - 3702004年06月-

脱窒性リン蓄積細菌を用いた水処理技術

常田聡，大野高史，安祚煥，平田彰

水処理技術45(6)p.261 - 2662004年06月-

Salinity Decreases Nitrite Reductase Gene Diversity in Denitrifying Bacteria of Wastewater Treatment Systems

S. Yoshie, N. Noda, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Appl. Environ. Microbiol.70(5)p.3152 - 31572004年05月-

T-RFLP法による排水処理細菌叢の迅速モニタリング

星野辰彦，寺原猛，常田聡，平田彰，稲森悠平

用水と廃水46(5)p.408 - 4122004年05月-

メンブレンエアレーション法を応用した単一槽内有機物・窒素同時除去システム

寺田昭彦，日比谷和明，常田聡，平田彰

用水と廃水46(2)p.148 - 1552004年02月-

界面特性を利用した細菌細胞の付着・脱着制御法

林浩志，二瓶智也，生木大志，常田聡，平田彰，佐々木弘

資源と素材120(1)p.54 - 592004年01月-

Characterization of Nitrifying Granules Produced in an Aerobic Upflow Fluidized Bed Reactor

S. Tsuneda, T. Nagano, T. Hoshino, Y. Ejiri, N. Noda, A. Hirata

Water Res.37(20)p.4965 - 49732003年12月-

Degradation of Xenobiotic Substances Using Sulfate-Reducing Bacteria in UASB Reactor

S. Tsuneda, T. Shiono, K. Nakamura, T. Dogan, A. Hirata

Water Sci. Technol.48(11,12)p.227 - 2342003年12月-

Effects of SRT and DO on N2O Reductase Activity in an Anoxic-Oxic Activated Sludge System

N. Noda, N. Kaneko, M. Mikami, Y. Kimochi, S. Tsuneda, A. Hirata, M. Mizuochi, Y. Inamori

Water Sci. Technol.48(11,12)p.363 - 3702003年12月-

RT-PCR法を用いた生活排水処理プロセスにおけるアンモニア酸化細菌の活性発現のモニタリング解析

蛯江美孝，三浦英智，野田尚宏，松村正利，常田聡，平田彰，水落元之，稲森悠平

日本水処理生物学会誌39(4)p.199 - 2072003年12月-

ビール粕を原料とする成形炭の水質浄化特性

岡本裕行，八木紀依，井上雅夫，山崎秀一，石田清治，芝田隼次，山本秀樹，林浩志，塩野貴史，常田聡，平田彰

環境資源工学50(4)p.165 - 1742003年12月-

放射性同位体トレーサー法を用いた水圏生態系マイクロコズムに及ぼすリンの影響評価

近藤貴志，板山朋聡，常田聡，平田彰，稲森悠平

日本水処理生物学会誌39(4)p.175 - 1812003年12月-

硫酸塩還元細菌を利用したFe-EDTA分解除去プロセスの構築

常田聡，塩野貴史，中村和之，平田彰

日本水処理生物学会誌39(4)p.167 - 1742003年12月-

In Situ PCR for Visualizing of Distribution of a Functional Gene "amoA" in a Biofilm Regardless of Activity

T. Hoshino, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

J. Biotechnol.105(1,2)p.33 - 402003年10月-

Adsorption Effect on the Dynamic Response of Biochemical Reaction in a Biofilm Reactor for Wastewater Treatment

S. Tsuneda, Y. Inoue, J. Auresenia, A. Hirata

Eng. Life Sci.3(9)p.371 - 3752003年09月-

Influence of Growth Phase on Bacterial Cell Electrokinetic Characteristics Examined by Soft Particle Electrophoresis Theory

H. Hayashi, H. Seiki, S. Tsuneda, A. Hirata, H. Sasaki

J. Colloid Interface Sci.264(2)p.565 - 5682003年09月-

Photooxidation of PCE in Gas Phase in UV-Bubble Column Reactor with H2O2

D. Alibegic, S. Tsuneda, A. Hirata

Water Intelligence Online2003年09月-

スラグウールを付着担体とする固定床型硫酸還元バイオリアクターによる希薄廃水からのカドミウム回収

林浩志，勝賀瀬暢一，常田聡，平田彰，佐々木弘

資源と素材119(9)p.559 - 5632003年09月-

Extracellular Polymeric Substances Responsible for Bacterial Adhesion onto Solid Surface

S. Tsuneda, H. Aikawa, H. Hayashi, A. Yuasa, A. Hirata

FEMS Microbiol. Lett.223(2)p.287 - 2922003年06月-

Oxidation of Tetrachloroethylene in a Bubble Column Photochemical Reactor Applying the UV/H2O2 Technique

D. Alibegic, S. Tsuneda, A. Hirata

Can. J. Chem. Eng.81(3,4)p.733 - 7402003年06月-

Quinone Profiles Reflecting Population Dynamics of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms

S. Tsuneda, T. Ohno, J. Ahn, T. Daidou, A. Hirata

Microbes and Environments18(2)p.69 - 732003年06月-

Influence of Extracellular Polymers on Electrokinetic Properties of Heterotrophic Bacterial Cells Examined by Soft Particle Electrophoresis Theory

S. Tsuneda, J. Jung, H. Hayashi, H. Aikawa, A. Hirata, H. Sasaki

Colloids and Surf. B: Biointerfaces29(2,3)p.181 - 1882003年05月-

High-Speed Recovery of Antimony Using Chelating Porous Hollow-Fiber Membrane

S. Nishiyama, K. Saito, K. Saito, K. Sugita, K. Sato, M. Akiba, T. Saito, S. Tsuneda, A. Hirata, M. Tamada, T. Sugo

J. Membr. Sci.214(2)p.275 - 2812003年04月-

中空糸メンブレンを用いた新しい水処理技術

寺田昭彦，日比谷和明，常田聡，平田彰

水処理技術44(4)p.153 - 1642003年04月-

Comparison of Detection Specificity of Nitrifying Bacteria in Biofilm using Fluorescence in situ Hybridization and in situ Fluorescence Antibody Methods

N. Noda, Y. Ebie, M. Matsumura, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Water Sci. Technol.47(5)p.129 - 1322003年03月-

Nitrogen Removal Characteristics and Biofilm Analysis of a Membrane-Aerated Biofilm Reactor Applicable to High-Strength Nitrogenous Wastewater Treatment

A. Terada, K. Hibiya, J. Nagai, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Biosci. Bioeng.95(2)p.170 - 1782003年02月-

UV-Bubble Column Reactor (UV-BCR) for Photolytic Removal of Tetrachloroethylene (PCE) from the Vapor Phase: Methodological Approach

D. Alibegic, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.36(2)p.178 - 1862003年02月-

独立栄養細菌を用いた硝化・脱窒同時進行型反応場の開発

青井議輝，白政優子，常田聡，平田彰

用水と廃水45(2)p.129 - 1332003年02月-

Simultaneous Nitrification and Denitrification by Controlling Vertical and Horizontal Microenvironment in a Membrane-Aerated Biofilm Reactor

K. Hibiya, A. Terada, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Biotechnol.100(1)p.23 - 322003年01月-

Characterization of Microbial Community in Nitrogen Removal Process of Metallurgic Wastewater by PCR-DGGE

S. Yoshie, N. Noda, T. Miyano, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Water Sci. Technol.46(11,12)p.93 - 982002年12月-

Community Analysis of Nitrifying Bacteria in an Advanced and Compact Gappei-Johkasou by FISH and PCR-DGGE

Y. Ebie, M. Matsumura, N. Noda, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Water Sci. Technol.46(11,12)p.105 - 1112002年12月-

Inhibition Effect of Chlorine Ion on Hydroxyl Radical Generation in UV-H2O2 Process

S. Tsuneda, Y. Ishihara, M. Hamachi, A. Hirata

Water Sci. Technol.46(11,12)p.33 - 382002年12月-

脱窒性リン蓄積細菌を利用した新しい高度排水処理プロセス

常田聡，安祚煥，大道智孝，大野高史，平田彰

水環境学会誌25(12)p.751 - 7552002年12月-

Dynamic Modeling and Simulation of a Three-Phase Fluidized Bed Batch Process for Wastewater Treatment

S. Tsuneda, J. Auresenia, T. Morise, A. Hirata

Process Biochem.38(4)p.599 - 6042002年11月-

放射線グラフト重合法で作製した多孔性膜を用いた金属イオンの高効率捕集

斎藤加織，斎藤恭一，杉田和之，常田聡，平田彰，須郷高信

科学と工業76(11)p.565 - 5712002年11月-

有用微生物固定化技術と排水高度処理への応用

常田聡

最近の化学工学54p.128 - 1412002年11月-

Detection and Quantification of Expression of amoA by Competitive Reverse Transcription-PCR

Y. Ebie, H. Miura, N. Noda, M. Matsumura, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Water Sci. Technol.46(1, 2)p.281 - 2882002年09月-

PCR-DGGE Analysis of Denitrifying Bacteria in a Metallurgic Wastewater Treatment Process

N. Noda, Y. Yoshie, T. Miyano, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Water Sci. Technol.46(1, 2)p.333 - 3362002年09月-

Real-Time Monitoring of Ammonia-Oxidizing Activity in a Nitrifying Biofilm by amoA mRNA Analysis

Y. Aoi, Y. Shiramasa, S. Tsuneda, A. Hirata, A. Kitayama, T. Nagamune

Water Sci. Technol.46(1, 2)p.439 - 4422002年09月-

Transformation of Phosphorus and Relevant Intracellular Compounds by a Phosphorus-Accumulating Enrichment Culture in the Presence of Both the Electron Acceptor and Electron Donor

J. Ahn, T. Daidou, S. Tsuneda, A. Hirata

Biotechnol. Bioeng.79(1)p.83 - 932002年07月-

吸着脱リン法を導入した資源回収型リン除去技術

高井智丈，宮坂章，稲森悠平，小松央子，小沼和博，中川和哉，常田聡

用水と廃水44(7)p.604 - 6102002年07月-

Kinetic Model for Dynamic Response of Three-Phase Fluidized Bed Biofilm Reactor for Wastewater Treatment

S. Tsuneda, J. Auresenia, Y. Inoue, Y. Hashimoto, A. Hirata

Biochem. Eng. J.10(1)p.31 - 372002年02月-

Characterization of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms Cultivated under Different Electron Acceptor Conditions using Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Assay

J. Ahn, T. Daidou, S. Tsuneda, A. Hirata

Water Res.36(2)p.403 - 4122002年01月-

Three-Dimensional Immobilization of Bacterial Cells with a Fibrous Network and its Application in a High-Rate Fixed-bed Nitrifying Bioreactor

H. Hayashi, M. Ono, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.35(1)p.68 - 752002年01月-

Metabolic Behaviors of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms under Nitrate and Nitrite Electron Acceptor Conditions

J. Ahn, T. Daidou, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Biosci. Bioeng.92(5)p.442 - 4462001年12月-

Selection and Dominance Mechanisms of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms in Biological Phosphorus Removal Process

J. Ahn, T. Daidou, S. Tsuneda, A. Hirata

Biotechnol. Lett.23(24)p.2005 - 20082001年12月-

貴金属回収工程から排出される硝酸含有廃水の生物学的窒素除去

常田聡，宮野知子，小川知幸，吉江幸子，平田　彰，大田有香，磯部公信，稲垣　肇，片山　卓

日本水処理生物学会誌37(4)p.141 - 1492001年12月-

地域環境保全のための嫌気好気生物膜法による畜産排水の高度処理　〜脱窒性リン蓄積細菌の優占化技術と栄養塩除去プロセスへの応用〜

常田聡，安祚煥，大道智孝，平田彰

環境科学総合研究所年報20p.7 - 112001年12月-

Direct Detection by in situ PCR of the amoA Gene in Biofilm Resulting from a Nitrogen Removal Process

T. Hoshino, N. Noda, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

Appl. Environ. Microbiol.67(11)p.5261 - 52662001年11月-

Kinetics of Tetrachloroethylene (PCE) Gas Degradation and Byproducts Formation during UV/H2O2 Treatment in UV-Bubble Column Reactor

D. Alibegic, S. Tsuneda, A. Hirata

Chem. Eng. Sci.56(21, 22)p.6195 - 62032001年11月-

Microbial Community Analysis in the Denitrification Process of Saline Wastewater by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis of PCR-Amplified 16S rRNA and the Cultivation Method

S. Yoshie, N. Noda, T. Miyano, S. Tsuneda, A. Hirata, Y. Inamori

J. Biosci. Bioeng.92(4)p.346 - 3532001年11月-

Rapid Recovery of Bacterial Cells from a Stable Dispersion by Heterocoagulation to a Fibrous Collector

H. Hayashi, T. Nihei, M. Ono, S. Tsuneda, A. Hirata, H. Sasaki

J. Colloid Interface Sci.243(1)p.109 - 1152001年10月-

TOC Removal of Diethylene Glycol Mono-n-hexyl Ether Synthetic Wastewater and 1,4-Butanediol Diglycidyl Ether Synthetic Wastewater with H2O2/UV in a Batch Reactor

W. J. Hou, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.34(10)p.1279 - 12842001年10月-

Efficient TOC Removal of Wastewater Containing 1,2-Naphthoquinone-2-diazido-5-sulfonic Acid Sodium Salt with H2O2/UV in a Batch Reactor

W. J. Hou, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.34(9)p.1084 - 10902001年09月-

Biological Nitrogen Removal from Industrial Wastewater Discharged from Metal Recovery Processes

A. Hirata, Y. Nakamura, S. Tsuneda

Water Sci. Technol.44(2, 3)p.171 - 1792001年08月-

Soft Particle Analysis of Bacterial Cells and its Interpretation of Cell Adhesion Behaviors in terms of DLVO Theory

H. Hayashi, S. Tsuneda, A. Hirata, H. Sasaki

Colloids and Surf. B: Biointerfaces22(2)p.149 - 1572001年08月-

TOC Removal of 2,4,5-Trichlorophenol Synthetic Wastewater with H2O2/UV in a Batch Reactor

W. J. Hou, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.34(8)p.1049 - 10512001年08月-

Visualization of Microscale Distribution of Nitrifying Bacteria in Biofilms Formed in Various Type Wastewater Treatment Processes

Y. Aoi, T. Miyoshi, T. Okamoto, S. Tsuneda, A. Kitayama, E. Kayano, T. Nagamune, A. Hirata

Advances in Water and Wastewater Treatment Technology -Molecular Technology, Nutrient Removal, Sludge Reduction, and Environmental Health-p.141 - 1512001年08月-

Direct Observation of Nitrifying Biofilms on Particles by Electron Microscopy

A. Hirata, A. A. Meutia, S. Tsuneda

Jpn. J. Water Treatment Biol.37(2)p.87 - 922001年06月-

包括型および付着型PEG担体で固定した硝化細菌の抗原抗体法による挙動解析

野田尚宏，蛯江美孝，生田創，常田聡，平田彰，松村正利，角野立夫，稲森悠平

日本水処理生物学会誌37(2)p.77 - 862001年06月-

Enhancement of Nitrifying Biofilm Formation Using Selected EPS Produced by Heterotrophic Bacteria

S. Tsuneda, S. Park, H. Hayashi, J. Jung, A. Hirata

Water Sci. Technol.43(6)p.197 - 2042001年05月-

The Role of Electrokinetic Properties on Adhesion of Nitrifying Bacteria to Solid Surfaces

H. Hayashi, S. Tsuneda, A. Hirata, H. Sasaki

Studies in Surface Science and Catalysis132p.293 - 2962001年05月-

粉砕生ゴミを含む厨芥排水の生物処理

常田聡，丁在国，中村和之，日比谷和明，平田彰

用水と廃水43(5)p.381 - 3852001年05月-

TOC Removal of Raw Industrial Wastewater from LSI Photo-Resist Processing with H2O2/UV in a Batch Reactor

W. J. Hou, S. Tsuneda, A. Hirata

J. Chem. Eng. Jpn.34(3)p.444 - 4472001年03月-

アンチモン含有廃水の処理技術

齋藤智宣，常田聡，斎藤恭一，平田彰

水処理技術42(3)p.103 - 1112001年03月-

火力発電所復水脱塩装置再生廃水からの生物学的窒素除去

常田聡，三好朋子，平田彰

日本水処理生物学会誌37(1)p.9 - 172001年03月-

Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal from Nutrient-Rich Wastewater -I. Characterization of Denitrifying Phosphate-Accumulating Organisms-

S. Tsuneda, J. Ahn, T. Daidou, A. Hirata

Ann. Report Interdiscipl. Res. Inst. Environ. Sci.19p.67 - 752000年12月-

Microbial Ecology of Nitrifying Bacteria in Wastewater Treatment Process Examined by Fluorescence in situ Hybridization

Y. Aoi, T. Miyoshi, T. Okamoto, S. Tsuneda, A. Hirata, A. Kitayama, T. Nagamune

J. Biosci. Bioeng.90(3)p.234 - 2402000年10月-

Tailoring of Highly Efficient Nitrifying Biofilms in Fluidized Bed for Ammonia-Rich Industrial Wastewater Treatment

S. Tsuneda, T. Miyoshi, Y. Aoi, A. Hirata

Water Sci. Technol.42(3, 4)p.357 - 3622000年10月-

The Rapid Quantification and Detection of Nitrifying Bacteria by Using Monoclonal Antibody Method

H. Ikuta, N. Noda, Y. Ebie, A. Hirata, S. Tsuneda, M. Matsumura, Y. Inamori

Water Sci. Technol.42(3, 4)p.1 - 72000年10月-

感光剤製造工程廃液の生物処理

平田彰，島本敦史，飯田宏幸，常田聡

用水と廃水42(9)p.775 - 7802000年09月-

Rapid Quantification and in situ Detection of Nitrifying Bacteria in Biofilms by Monoclonal Antibody Method

N. Noda, H. Ikuta, Y. Ebie, A. Hirata, S. Tsuneda, M. Matsumura, T. Sumino, Y. Inamori

Water Sci. Technol.41(4, 5)p.301 - 3082000年07月-

Evaluation of Kinetic Parameters of Biochemical Reaction in Three-Phase Fluidized Bed Biofilm Reactor for Wastewater Treatment

A. Hirata, T. Takemoto, K. Ogawa, J. Auresenia, S. Tsuneda

Biochem. Eng. J.5(2)p.165 - 1712000年04月-

Formation and Characteristics of Nitrifying Biofilm on a Membrane Modified with Positively-Charged Polymer Chains

K. Hibiya, S. Tsuneda, A. Hirata

Colloids and Surf. B: Biointerfaces18(2)p.105 - 1122000年03月-

Effects of Oxygen Supply Condition and Specific Biofilm Interfacial Area on Phenol Removal Rate in a Three-Phase Fluidized Bed Bioreactor

A. Hirata, A. A. Meutia, M. Osawa, M. Arai, S. Tsuneda

Can. J. Chem. Eng.78(2)p.95 - 1012000年02月-

写真廃液中の難分解性有機物の微生物分解

平田彰，山下秀人，常田聡

用水と廃水41(9)p.808 - 8121999年09月-

Radiation-Induced Graft Polymerization is the Key to Develop High-Performance Functional Materials for Protein Purification

K. Saito, S. Tsuneda, M. Kim, N. Kubota, K. Sugita, T. Sugo

Radiat. Phys. Chem.54(5)p.517 - 5251999年05月-

紫外線照射と過酸化水素逐次添加を併用したジクロロメタンの高速分解処理

平田彰，石井純，常田聡

水環境学会誌22(5)p.396 - 4021999年05月-

Tailoring of a Smooth Polycrystalline Gold Surface as a Suitable Anchoring Site for a Self-Assembled Monolayer

S. Tsuneda, T. Ishida, N. Nishida, M. Hara, H. Sasada, W. Knoll

Thin Solid Films339(1, 2)p.142 - 1471999年02月-

写真廃液の再生とゼロエミッション化

平田彰，武井浩樹，常田聡

化学工業50(2)p.113 - 1181999年02月-

Kinetics of Biological Treatment of Phenolic Wastewater in Three-Phase Fluidized Bed Containing Biofilm and Suspended Sludge

A. Hirata, M. Noguchi, N. Takeuchi, S. Tsuneda

Water Sci. Technol.38(8, 9)p.205 - 2121998年12月-

High Resolution X-Ray Photoelectron Spectroscopy Measurements of Octadecanethiol Self-Assembled Monolayers on Au(111)

T. Ishida, M. Hara, I. Kojima, S. Tsuneda, N. Nishida, H. Sasabe, W. Knoll

Langmuir14(8)p.2092 - 20961998年04月-

嫌気好気生物膜法による産業廃水の高度処理

平田彰，常田聡

ケミカルエンジニヤリング43(3)p.188 - 1921998年03月-

Fluorescence Study on the Conformational Change of an Amino Group-Containing Polymer Chain Grafted onto a Polyethylene Microfiltration Membrane

S. Tsuneda, T. Endo, K. Saito, K. Sugita, K. Horie, T. Yamashita, T. Sugo

Macromolecules31(2)p.366 - 3701998年01月-

Treatment of Photographic Processing Wastewater Using Anaerobic-Aerobic Biofilm Reactor

A. Hirata, H. Lee, S. Tsuneda, T. Takai

Water Sci. Technol.36(12)p.91 - 991997年12月-

Local Mobility of Polymer Chain Grafted onto Polyethylene Monitored by Fluorescence Depolarization

S. Tsuneda, T. Endo, K. Saito, K. Sugita, K. Horie, T. Yamashita, T. Sugo

Chem. Phys. Lett.275(3, 4)p.203 - 2101997年08月-

Surface-Conditioning Effect of Gold Substrates on Octadecanethiol Self-Assembled Monolayer Growth

T. Ishida, S. Tsuneda, N. Nishida, M. Hara, H. Sasabe, W. Knoll

Langmuir13(17)p.4638 - 46431997年08月-

Alkyl Chain Length Effect on Growth Kinetics of n-Alkanethiol Self-Assembled Monolayers on Gold Studied by X-ray Photoelectron Spectroscopy

T. Ishida, N. Nishida, S. Tsuneda, M. Hara, H. Sasabe, W. Knoll

Jpn. J. Appl. Phys. Part2-Lett.35(12B)p.L1710 - L17131996年12月-

Ring-Opening Reaction of Poly-GMA Chain Grafted onto Porous Membrane

M. Kim, S. Kiyohara, S. Konishi, S. Tsuneda, K. Saito, T. Sugo

J. Membr. Sci.117(1, 2)p.33 - 381996年08月-

Hydrodynamic Evaluation of Three-Dimensional Adsorption of Protein to Polymer Chain Grafted onto Porous Substrate

S. Tsuneda, H. Kagawa, K. Saito, T. Sugo

J. Colloid Interface Sci.176(1)p.95 - 1001995年12月-

Novel Ion-Exchange Membranes for Electrodialysis Prepared by Radiation-Induced Graft Polymerization

S. Tsuneda, K. Saito, H. Mitsuhara, T. Sugo

J. Electrochem. Soc.142(11)p.3659 - 36631995年11月-

Highly Efficient Enzyme Recovery Using a Porous Membrane with Immobilized Tentacle Polymer Chains

S. Matoba, S. Tsuneda, K. Saito, T. Sugo

Bio/Technology13(8)p.795 - 7971995年08月-

Protein Adsorption Characteristics of Porous and Tentacle Anion-Exchange Membrane Prepared by Radiation-Induced Graft Polymerization

S. Tsuneda, K. Saito, T. Sugo, K. Makuuchi

Radiat. Phys. Chem.46(2)p.239 - 2451995年08月-

High-Throughput Processing of Proteins Using a Porous and Tentacle Anion-Exchange Membrane

S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo

J. Chromatogr.689(2)p.211 - 2181995年01月-

Hydrolysis of Methyl Acetate and Sucrose in SO3H-Group-Containing Grafted Polymer Chains Prepared by RIGP

T. Mizota, S. Tsuneda, K. Saito, T. Sugo

Ind. Eng. Chem. Res.33(9)p.2215 - 22191994年09月-

Sulfonic Acid Catalysts Prepared by Radiation-Induced Graft Polymerization

T. Mizota, S. Tsuneda, K. Saito, T. Sugo

J. Catal.149(1)p.243 - 2451994年09月-

Radiation-Induced Graft Polymerization of Vinyl Benzyltrimethylammonium Chloride onto Polyethylene Film

Y. C. Nho, T. Sugo, S. Tsuneda, K. Makuuchi

J. Appl. Polym. Sci.51(7)p.1269 - 12751994年02月-

Binding of Lysozyme onto a Cation-Exchange Microporous Membrane Containing Tentacle-Type Grafted Polymer Branches

S. Tsuneda, H. Shinano, K. Saito, S. Furusaki

Biotechnol. Prog.10(1)p.76 - 811994年01月-

Attachment of Sulfonic Acid Group to Various Shapes of PE, PP and PTFE by Radiation-Induced Graft Polymerization

S. Sugiyama, S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo, K. Makuuchi

Reactive Polymers21(3)p.187 - 1911993年12月-

Simple Introduction of Sulfonic Acid Group onto Polyethylene by Radiation-Induced Cografting of Sodium Styrenesulfonate with Hydrophilic Monomers

S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo, K. Makuuchi

Ind. Eng. Chem. Res.32(7)p.1464 - 14701993年07月-

Ion Exchange of Lysozyme during Permeation across a Microporous Sulfopropyl-Group-Containing Hollow Fiber

H. Shinano, S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo

Biotechnol. Prog.9(2)p.193 - 1981993年03月-

Preparation of Microfiltration Membranes Containing Anion-Exchange Group

K. Kobayashi, S. Tsuneda, K. Saito, H. Yamagishi, S. Furusaki, T. Sugo

J. Membr. Sci.76(2, 3)p.209 - 2181993年02月-

Water/Acetone Permeability of Porous Hollow-Fiber Membrane Containing Diethylamino Groupｓ on the Grafted Polymer Branches

S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo, I. Ishigaki

J. Membr. Sci.71(1, 2)p.1 - 121992年07月-

Metal Collection Using Chelating Hollow Fiber Membrane

S. Tsuneda, K. Saito, S. Furusaki, T. Sugo, J. Okamoto

J. Membr. Sci.58(2)p.221 - 2341991年05月-

Draft Genome Sequence of Acidovorax sp. Strain NB1, Isolated from a Nitrite-Oxidizing Enrichment Culture

H. Ide, K. Ishii, H. Fujitani, S. Tsuneda

Microbiology Resource Announcements査読有り8(33)p.e00547-19 - e00547-192019年08月-2019年08月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Successful Enrichment of Low-Abundant Comammox Nitrospira from Nitrifying Granules under Ammonia-Limited Conditions

H. Fujitani, M. Nomachi, Y. Takahashi, Y. Hasebe, M. Eguchi, S. Tsuneda

FEMS Microbiology Letters査読有り367(fnaa025)p.1 - 82020年03月-2020年03月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

MazF Endoribonucleolytic Toxin Conserved in Nitrospira Specifically Cleaves the AACU, AACG, and AAUU Motifs

R. Aoi, T. Miyamoto, A. Yokota, Y. Ota, H. Fujitani, S. Tsuneda, N. Noda

Toxins査読有り12(5)2020年04月-2020年04月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Transcriptome Analysis of the Ammonia-Oxidizing Bacterium Nitrosomonas mobilis Ms1 Reveals Division of Labor between Aggregates and Free-Living Cells

R. Isshiki, H. Fujitani, S. Tsuneda

Microbes and Environments査読有り35(2)p.1 - 92020年06月-2020年06月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Physiological and Genomic Characterization of a New “Candidatus Nitrotoga” Isolate

K. Ishii, H. Fujitani, Y. Sekiguchi, S. Tsuneda

Environmental Microbiology査読有り22(6)p.2365 - 23822020年06月-2020年06月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Quantification of Native mRNA Dynamics in Living Neurons Using Fluorescence Correlation Spectroscopy and Reduction-Triggered Fluorescent Probes

H. Fujita, R. Oikawa, M. Hayakawa, F. Tomoike, Y. Kimura, H. Okuno, Y. Hatashita, C. F. Oliveros, H. Bito, T. Ohshima, S. Tsuneda, H. Abe, T. Inoue

Journal of Biological Chemistry査読有り295(23)p.7923 - 79402020年06月-2020年06月　

掲載種別：研究論文（学術雑誌）

書籍等出版物

Phosphorus Recovery and Recycling

H. Ohtake, S.Tsuneda

Springer2018年 11月-

ISBN：978-981-10-8030-2

生命科学概論　ー環境・エネルギーから医療までー

常田聡

朝倉書店2012年 04月-

ISBN：978-4-254-17151-8

基礎から理解する化学４　化学工学

常田聡

みみずく舎2012年 04月-

ISBN：978-4-86399-142-2

難培養微生物研究の最新技術II

古川和寛，阿部洋，伊藤嘉浩，常田聡

シーエムシー出版2010年 04月-

ISBN：978-4-7813-0183-9

リン資源の回収と有効利用

蛯江美孝，近藤貴志，常田聡，稲森悠平

サイエンス＆テクノロジー2009年 11月-

ISBN：978-4-903413-76-1

マリンメタゲノムの有効利用

野田尚宏，関口勇地，松田泰嘉，谷英典，常田聡

シーエムシー出版2009年 07月-

ISBN：978-4-7813-0114-3

バイオフィルムの基礎と制御

松本慎也，常田聡

株式会社エヌ・ティー・エス2008年 02月-

ISBN：978-4-86043-150-1

排水・汚水処理技術集成

常田聡，近藤貴志

株式会社エヌ・ティー・エス2007年 05月-

一細胞定量解析の最前線ライフサーベイヤ構築に向けて

阿部洋，古川和寛，常田聡，伊藤嘉浩

シーエムシー出版2006年 12月-

複合微生物系の産業利用と新産業創出

伊達康博，青井議輝，常田聡

シーエムシー出版2006年 07月-

Aerobic Granular Sludge, Water Environmental Management Series (WEMS)

S. Tsuneda, Y. Ejiri, M. Ogiwara, T. Nagano, A. Hirata

IWA Publishing2005年 04月-

最近の化学工学 54「バイオプロセスエンジニアリングの新展開-アップストリームからダウンストリームまで-」

常田聡

化学工業社2002年 11月-

Advanced in Water and Wastewater Treatment Technology -Molecular Technology, Nutrient Removal, Sludge Reduction, and Environmental Health-

Y. Aoi, T. Miyoshi, T. Okamoto, S. Tsuneda, A. Kitayama, E. Kayano, T. Nagamune, A. Hirata

Elsevier2000年 09月-

講演・口頭発表等

Genomic and physiological characteristics of a novel nitrite-oxidizing Nitrospira strain isolated from a drinking water treatment plant

8th IWA Microbial Ecology and Water Engineering Specialist Conference2019年11月19日

ポスター発表

Enrichment of comammox Nitrospira from nitrifying granules by using fixed-bed continuous feeding bioreactors

8th IWA Microbial Ecology and Water Engineering Specialist Conference2019年11月19日

ポスター発表

Water-in-oil ドロップレットを用いた腸内細菌培養手法の開発

第71回日本生物工学会大会2019年09月16日

口頭発表（一般）

RNase 活性を指標とした微生物増殖water-in-oil ドロップレットの検出法 “FNAP-sort” の確立

第71回日本生物工学会大会2019年09月16日

口頭発表（一般）

Water-in-oil ドロップレット内での環境微生物の培養とシングルドロップレットアイソレーション技術の開発

第33回日本微生物生態学会2019年09月11日

口頭発表（一般）

従属栄養細菌との相互作用を介した硝化菌の増殖促進機構

第33回日本微生物生態学会2019年09月11日

ポスター発表

細胞ごとに増殖速度のばらつきが大きいアンモニア酸化細菌のしなやかな生存戦略

第33回日本微生物生態学会2019年09月11日

ポスター発表

亜酸化窒素還元能を持つ硝化細菌Nitrobacter の発見

第33回日本微生物生態学会2019年09月11日

ポスター発表

A flexible survival strategy of ammonia-oxidizing bacteria by growth heterogeneity at a single cell level

6th International Conference on Nitrification and Related Processes2019年09月10日

ポスター発表

Enrichment of comammox and canonical Nitrospira from acidic soil: Insights into niche differentiation and adaptation to low pH

6th International Conference on Nitrification and Related Processes2019年09月10日

ポスター発表

Enrichment of comammox Nitrospira from nitrifying granules by using fixed-bed continuous feeding bioreactors

6th International Conference on Nitrification and Related Processes2019年09月10日

口頭発表（一般）

Physiological and Genomic Characteristics of a New "Candidatus Nitrotoga" Isolate

6th International Conference on Nitrification and Related Processes2019年09月09日

口頭発表（一般）

Sequence-specific endoribonucleolytic toxin, MazF, conserved in nitrifying bacteria

6th International Conference on Nitrification and Related Processes2019年09月08日

口頭発表（一般）

Dormant and metabolic-active persister formation in Escherichia coli mediated by the expression of lactate dehydrogenase A

8th Congress of European Microbiologists2019年07月10日

ポスター発表

Cultivation of a bacterium representing a previously unrecognized clade of the Nitrosomonas group; physiology, genomics, and distribution of a missing ammoniaoxidizer

8th Congress of European Microbiologists2019年07月09日

ポスター発表

Mixotrophic Lifestyle of Nitrite Oxidizer Nitrotoga in the Presence of Pyruvate

8th Congress of European Microbiologists2019年07月09日

ポスター発表

緑膿菌バイオフィルム中のDormant cells 亜集団の選択的プロテオミクスおよび時空間動態解析

第33回日本バイオフィルム学会学術集会2019年07月05日

ポスター発表

W/Oドロップレットを用いた環境微生物培養の基盤技術“FNAP-sort”の開発

環境バイオテクノロジー学会2019年度大会2019年06月15日

口頭発表（一般）

未培養硝化菌を対象とした新規分離培養技術の開発

環境バイオテクノロジー学会2019年度大会2019年06月15日

口頭発表（一般）

エネルギーを貯蓄して抗菌薬に抵抗する大腸菌persisterの形成機構

第92回日本細菌学会総会2019年04月24日

口頭発表（一般）

Bacterial target-centric view of small RNA regulation revealedby comparative CLIP-seq

第92回日本細菌学会総会2019年04月24日

口頭発表（一般）

一過性の遺伝子発現の履歴を可視化する技術の開発

第92回日本細菌学会総会2019年04月24日

ポスター発表

Effects of gut microbiota disturbance at early life on colonic mucosal immune cells

第47回日本免疫学会総会学術集会2018年12月12日

ポスター発表

エネルギー蓄積を伴う大腸菌persisterの形成機構

第101回日本細菌学会関東支部総会2018年11月01日

口頭発表（一般）

water-in-oilエマルションを用いた微生物の培養および検出技術の構築

平成30年度日本生物工学会大会2018年09月06日

口頭発表（一般）

亜硝酸酸化細菌におけるToxin-Antitoxin機構の生理学的意義の考察

平成30年度日本生物工学会大会2018年09月05日

口頭発表（一般）

Energy metabolism of ldhA-mediated Escherichia coli persisters

17th International Symposium on Microbial Ecology2018年08月14日

ポスター発表

Culture-dependent analyses of isolated Nitrotoga sp. provide deeper insight into the physiology

17th International Symposium on Microbial Ecology2018年08月14日

ポスター発表

Genomic and physiological characteristics of novel nitrite-oxidizing Nitrospira isolated from a drinking water treatment plant

17th International Symposium on Microbial Ecology2018年08月14日

ポスター発表

Growth variability at the single-cell level affects culturability of environmental microorganisms

17th International Symposium on Microbial Ecology2018年08月14日

ポスター発表

RNAシャペロンHfqによるバイオフィルム環境適応制御機構の理解

第32回日本バイオフィルム学会学術集会2018年07月27日

口頭発表（一般）

バイオフィルム内環境におけるldhA発現とPersister形成との関係解析

第32回日本バイオフィルム学会学術集会2018年07月27日

ポスター発表

環境ストレスがpersister形成メカニズムに与える影響

第32回日本バイオフィルム学会学術集会2018年07月27日

ポスター発表

分離培養プロセスとゲノム情報から推定する亜硝酸酸化細菌Nitrotogaの生理学的性質および増殖促進条件

第32回日本微生物生態学会2018年07月12日

口頭発表（一般）

酸性土壌に由来する新規な亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの培養

第32回日本微生物生態学会2018年07月12日

ポスター発表

病原菌Clostridium perfringens由来トキシン-アンチトキシン機構MazEFの分子認識と生理機能に関する考察

第32回日本微生物生態学会2018年07月12日

ポスター発表

water-in-oilエマルションを利用した微生物培養および分取技術の開発

第32回日本微生物生態学会2018年07月12日

ポスター発表

難培養微生物の可培養化を目指したシングルセルレベルでの増殖不均一性の解析

第32回日本微生物生態学会2018年07月12日

ポスター発表

W/Oエマルションを用いた微生物の培養と分取技術の構築

環境バイオテクノロジー学会2018年度大会2018年06月25日

口頭発表（一般）

亜硝酸酸化細菌NitrospiraのMazEF機構に着目した環境適応機構の考察

環境バイオテクノロジー学会2018年度大会2018年06月25日

口頭発表（一般）

Stochastic ldhA expression induces Escherichia coli persister formation irrespective of energy repression

EMBO Workshop: Bacterial Persistence and Antimicrobial Therapy2018年06月12日

ポスター発表

大腸菌ldhA発現によるpersister形成メカニズムの解明

第91回日本細菌学会総会2018年03月28日

口頭発表（一般）

Toxin-Antitoxin機構の分子認識機構: RNA干渉酵素の認識切断配列の同定手法の確立

第91回日本細菌学会総会2018年03月28日

口頭発表（一般）

ピルビン酸存在下での亜硝酸酸化細菌Nitrotogaの混合栄養的な増殖様式

第13回日本ゲノム微生物学会2018年03月07日

ポスター発表

見過ごされたアンモニア酸化細菌：Nitrosomonas属の新規な生理学、ゲノミクス、環境分布

第13回日本ゲノム微生物学会2018年03月07日

ポスター発表

網羅的遺伝子発現解析による硝化菌の形態変化がもたらす生存戦略の解明

第13回日本ゲノム微生物学会2018年03月07日

ポスター発表

Colonic in ammation induces a transient increase in serum LECT2 level

第46回日本免疫学会総会学術集会2017年12月12日

口頭発表（一般）

ldhA発現による大腸菌persister形成と好気代謝制御との関係

2017年日本細菌学会関東支部インターラボセミナー2017年11月17日

口頭発表（一般）

water-in-oilエマルションを用いた微生物培養技術の開発

平成29年度日本生物工学会大会2017年09月13日

口頭発表（一般）

乳酸発酵遺伝子ldhA発現によるpersister形成とプロトン駆動力との関係

平成29年度日本生物工学会大会2017年09月12日

口頭発表（一般）

Fermentation pulse expression leads to formation of E. coli persister

How Dead is Dead V2017年09月07日

ポスター発表

Spatio-temporal dynamics of dormant cells in Pseudomonas aeruginosa biofilm based on bacterial growth activity

How Dead is Dead V2017年09月07日

ポスター発表

Characterization of a chromosomal toxin-antitoxin module conserved in Nitrosomonas europaea

How Dead is Dead V2017年09月07日

口頭発表（一般）

細菌の分裂活性をもとにした緑膿菌コロニーバイオフィルム内の休止細菌時空間動態の解析

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

ldhA発現による大腸菌persister形成と中心代謝経路の関係

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

硝化細菌におけるストレス応答機構の解明: Toxin-antitoxin機構はなぜ必要なのか？

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

硝化菌単一菌株集団でみられる形態と増殖能の不均一性

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

ゲノムから推定する遅増殖性Nitrotogaの活性促進因子

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

persister形成メカニズムに対する培養環境の影響

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

完全アンモニア酸化能を保持するComammox細菌の分離培養と生理生態

環境微生物系学会合同大会20172017年08月30日

ポスター発表

Genome-Informed Isolation of Nitrite Oxidizer Nitrotoga sp.

5th International Conference on Nitrification and Related Processes2017年07月25日

ポスター発表

Comparative Genomics of Phylogenetically Distinct Two Nitrospira Strains Isolated from Activated Sludge

5th International Conference on Nitrification and Related Processes2017年07月25日

ポスター発表

Growth Heterogeneity in Pure Cultures of Nitrifiers

5th International Conference on Nitrification and Related Processes2017年07月25日

ポスター発表

Analysis of dormant cell dynamics within Pseudomonas aeruginosa biofilm

7th Congress of European Microbiologists2017年07月10日

ポスター発表

Stochastic expression of lactate dehydrogenase causes E. coli persister formation

7th Congress of European Microbiologists2017年07月10日

ポスター発表

Characterization of a sequence-specific cutter conserved in the Nitrosomonas europaea chromosome

7th Congress of European Microbiologists2017年07月10日

ポスター発表

Screening disruptors of the toxin–antitoxin complex in Staphylococcus aureus

7th Congress of European Microbiologists2017年07月10日

ポスター発表

ldhA発現を介したpersister形成とプロトン駆動力との関係

第31回日本バイオフィルム学会学術集会2017年07月07日

口頭発表（一般）

乳幼児期の腸内細菌叢の撹乱が腸管炎症制御におよぼす影響解析

第21回腸内細菌学会2017年06月15日

口頭発表（一般）

乳幼児期の腸内細菌叢攪乱が食物アレルギー感受性に与える影響解析

第21回腸内細菌学会2017年06月15日

口頭発表（一般）

ldhA遺伝子の確率的な発現による大腸菌のpersister形成

第90回日本細菌学会総会2017年03月20日

口頭発表（一般）

なぜ、難培養性細菌の増殖は不均一なのか？－シングルセル観察から見えたクローナル集団の実態－

第90回日本細菌学会総会2017年03月20日

ポスター発表

乳酸脱水素酵素阻害による緑膿菌バイオフィルム除去

第90回日本細菌学会総会2017年03月20日

ポスター発表

好気呼吸と発酵のバランスが崩れるとpersisterが形成される

第90回日本細菌学会総会2017年03月20日

ポスター発表

Modulation of inflammatory response with gut commensal bacteria-derived metabolites

第90回日本細菌学会総会2017年03月20日

ポスター発表

乳幼児期の腸内細菌叢攪乱がアレルギー応答に与える影響解析

第19回化学工学会学生発表会小金井大会2017年03月04日

口頭発表（一般）

革新的分離培養技術による新規なcomammox細菌の獲得と生存戦略の解明

第19回化学工学会学生発表会小金井大会2017年03月04日

口頭発表（一般）

緑膿菌バイオフィルム中に存在する非分裂細菌の生理学的機能解明

第19回化学工学会学生発表会小金井大会2017年03月04日

口頭発表（一般）

乳幼児期の腸内細菌叢の撹乱が腸管炎症の抑制的制御機構に与える影響解析

第19回化学工学会学生発表会小金井大会2017年03月04日

口頭発表（一般）

確率的なldhA発現に伴うpersister形成のメカニズム解明

第５回⽇本⽣物⼯学会東⽇本⽀部コロキウム2017年03月02日

ポスター発表

Nitrospiraの亜硝酸酸化活性を制御するQuorum-sensing機構の発見

第11回日本ゲノム微生物学会2017年03月02日

口頭発表（一般）

セルソーターによって分取された凝集体内の微生物間相互作用の解明

第11回日本ゲノム微生物学会2017年03月02日

口頭発表（一般）

The interaction between commensal bacteria and immune cells regulates acute colitis

第45回日本免疫学会総会学術集会2016年12月06日

ポスター発表

クローナルな硝化菌集団における細胞増殖活性の不均一性の評価と機構解明

第31回日本微生物生態学会2016年10月24日

ポスター発表

Quorum-sensing機構による亜硝酸酸化細菌Nitrospira japonicaの活性制御メカニズム

第31回日本微生物生態学会2016年10月24日

ポスター発表

ldhAの確率的な発現によるpersister形成と制御

第31回日本微生物生態学会2016年10月24日

ポスター発表

大腸菌のpersister形成を誘導する多様な経路

第31回日本微生物生態学会2016年10月24日

ポスター発表

微生物凝集体ソーティングによる未培養な亜硝酸酸化細菌Nitrotogaの獲得と生存戦略

第31回日本微生物生態学会2016年10月24日

ポスター発表

病原性微生物を対象としたプログラム細胞死誘導物質の探索

平成28年度日本生物工学会大会2016年09月30日

ポスター発表

Toxin-antitoxin分子認識機構：病原菌由来RNA インターフェレンスの特異的認識配列の同定

平成28年度日本生物工学会大会2016年09月30日

ポスター発表

Ammonia Concentration Determines Ecological Niche Differentiation of Nitrospira as Nitrite-Oxidizers in Activated Sludge

6th International Conference Microbial Ecology and Water Engineering (MEWE2016)2016年09月05日

ポスター発表

Physiological and Genetic Properties of Nitrosomonas mobilis Ms1 Isolated from Autotrophic Nitrifying Granule of Wastewater Treatment Plant

16th International Symposium on Microbial Ecology2016年08月25日

ポスター発表

Physiological Characterization of Nitrotoga-like Bacteria Enriched from Coastal Sand

16th International Symposium on Microbial Ecology2016年08月25日

ポスター発表

Exploring Intestinal Bacteria Involved in the Regulation of Farnesoid X Receptor Activity

16th International Symposium on Microbial Ecology2016年08月25日

ポスター発表

Comparative Genomic Analysis of Phylogenetically Distinct Two Nitrospira Strains Isolated from a Wastewater Treatment Plant

16th International Symposium on Microbial Ecology2016年08月25日

口頭発表（一般）

Direct Isolation of Microcolonies from Activated Sludge Opens the Window of Unrecognized Genus Nitrosomonas as ammonia oxidizers

16th International Symposium on Microbial Ecology2016年08月23日

口頭発表（一般）

嫌気代謝遺伝子の発現ノイズによるPersister形成の解析

第30回日本バイオフィルム学会学術集会2016年07月02日

口頭発表（一般）

Selective Enrichment of Uncultured Ammonia-Oxidizing Bacteria and Archaea and Nitrospira from Freshwater by Continuous Feeding Bioreactors

4th International Conference on Nitrification2015年06月29日

ポスター発表

Isolation and Successful Subculture of Nitrosomonas mobilis Lineage: Recovery of Nature's Lost Treasure Since 1970's

4th International Conference on Nitrification2015年06月29日

口頭発表（一般）

Comparative Genomic Analysis of Phylogenetically Distant Two Nitrospira Strains Isolated from a Wastewater Treatment Plant

4th International Conference on Nitrification2015年06月29日

ポスター発表

The Identification Method for Cleavage Sequences of MazF Family Endoribonucleases Using Massive Parallel Sequencing

6th Congress of European Microbiologists2015年06月08日

ポスター発表

Moleculat Mechanism Analysis of Persisters Formation with a Cell Division Marker

6th Congress of European Microbiologists2015年06月08日

ポスター発表

新規な分離培養技術によって獲得された硝化細菌の生理・ゲノム特性

環境バイオテクノロジー学会2016年度大会2016年06月13日

口頭発表（一般）

核内受容体FXRを活性化する腸内細菌の探索

第20回腸内細菌学会2016年06月09日

口頭発表（一般）

新規な分離培養戦略が切り拓く難培養性硝化細菌の獲得と生理・ゲノム特性

日本農芸化学会2015年度大会2016年03月28日

口頭発表（一般）

遺伝子発現解析とシングルセル観察から探るDormant Persistersの正体

第89回日本細菌学会総会2016年03月25日

口頭発表（一般）

常在細菌－TLRsの相互作用を介した腸管炎症制御機構

第89回日本細菌学会総会2016年03月24日

ポスター発表

Liver senses gut environmental alteration induced by oral pathobionts

第89回日本細菌学会総会2016年03月23日

口頭発表（一般）

三次元数理シミュレーションを利用したバイオフィルム中の休止細菌形成動態の解析

第89回日本細菌学会総会2016年03月23日

ポスター発表

細菌集団中の確率的なldhA発現による休止細菌形成

第89回日本細菌学会総会2016年03月23日

ポスター発表

ストレス環境が誘導する大腸菌休止化経路の解析

第89回日本細菌学会総会2016年03月23日

ポスター発表

Isolation, physiology, and genomics of novel nitrifiers

第30回日本微生物生態学会2015年10月18日

口頭発表（一般）

Physiological characterization of Nitrosomonas mobilis-like strain isolated from autotrophic nitrifying granule

第30回日本微生物生態学会2015年10月18日

ポスター発表

シングルセルレベルでのldhA発現のゆらぎと休止細菌形成の関連性

第30回日本微生物生態学会2015年10月18日

ポスター発表

ファージディスプレイ法によるプログラム細胞死誘導物質の探索

第30回日本微生物生態学会2015年10月18日

ポスター発表

活性汚泥中に潜在する未培養アンモニア酸化細菌の分離培養

第30回日本微生物生態学会2015年10月18日

ポスター発表

遺伝子発現から探る休止細菌の分子機構

第29回日本バイオフィルム学会学術集会2015年07月11日

口頭発表（一般）

新規分離培養手法を用いたハイスループットなアンモニア酸化細菌の獲得

環境バイオテクノロジー学会2015年度大会2015年06月29日

口頭発表（一般）

腸管炎症制御に関与する常在細菌－TLRsの相互作用

第19回腸内細菌学会2015年06月18日

口頭発表（一般）

The role of bacterial component in the progression of non-alcohol liver disease

第88回日本細菌学会総会2015年03月27日

口頭発表（一般）

細菌の休止状態に関係する遺伝子発現の網羅的解析

第88回日本細菌学会総会2015年03月27日

ポスター発表

The physiological importance of commensal Enterobacteriaceae populations in the gut homeostasis

第88回日本細菌学会総会2015年03月27日

口頭発表（一般）

The interaction between host and commensal bacteria through the farnesoid X receptor

第88回日本細菌学会総会2015年03月27日

ポスター発表

大腸腫瘍由来オルガノイドに見られる異常形態形成の数理モデリング

日本物理学会第70回年次大会2015年03月21日

口頭発表（一般）

3次元心筋組織構築に向けた低温培養の影響評価

第14回日本再生医療学会総会2015年03月20日

口頭発表（一般）

配向を制御した骨格筋細胞シートの機能評価

第14回日本再生医療学会総会2015年03月20日

口頭発表（一般）

HepG2細胞の低酸素領域における酸素消費動態解析

化学工学会第80年会2015年03月12日

口頭発表（一般）

ヒト結腸陰窩細胞動態の三次元数理モデル

定量生物学の会　第7回年会2015年01月11日

ポスター発表

腸オルガノイド形態成数理モデの構築

定量生物学の会　第7回年会2015年01月11日

ポスター発表

Exploring the intestinal bacteria involved in the regulation of immune-metabolism

Hindgut Club JAPAN symposium2014年12月06日

ポスター発表

The Effectiveness of Low Temperature Cultivation (LTC) for Tissue Engineering

7th World Congress on Preventive and Regenerative Medicine2014年11月06日

口頭発表（一般）

Fabrication of Biomimetic Three-Dimensional Muscle Tissue Construct with Well-Organized Orientation

7th World Congress on Preventive and Regenerative Medicine2014年11月06日

口頭発表（一般）

包括固定化アナモックス担体を用いた好気脱窒システムの実証

日本水処理生物学会第51回大会2014年11月13日

口頭発表（一般）

MPL mutation analysis of Ph-negative myeloproliferative neoplasms in Japan

第76回日本血液学会学術集会2014年10月31日

ポスター発表

Establishment of a novel assay for MPLW515L/K detection and allele burden measurement

第76回日本血液学会学術集会2014年10月31日

口頭発表（一般）

nxrBを標的としたin situ RCA-FISH法による亜硝酸酸化細菌の探索

環境微生物系学会合同大会20142014年10月22日

ポスター発表

難培養性アンモニア酸化細菌Nitrosomonas mobilisの分離培養と生理学的性質の解明

環境微生物系学会合同大会20142014年10月22日

ポスター発表

比較解析から迫る亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの生態学的ニッチ

環境微生物系学会合同大会20142014年10月22日

ポスター発表

抗炎症能を有する腸内細菌のスクリーニングとその作用機序の解明

平成26年度日本生物工学会大会2014年09月11日

ポスター発表

腸炎の寛解誘導に関わる腸管内細菌代謝物動態の解析

平成26年度日本生物工学会大会2014年09月11日

ポスター発表

アナモックス反応を用いた好気脱窒システムの検証

第17回日本水環境学会シンポジウム2014年09月09日

口頭発表（一般）

Selective Enrichment of Uncultured Ammonia-Oxidizing Bacteria and Archaea and Nitrite-0xidizing Bacteria from Freshwater

15th International Symposium on Microbial Ecology2014年08月25日

ポスター発表

Detection of nxrB Genes by in situ RCA-FISH to Identify Unrecognized Nitrite-Oxidizing Microorganisms in Environments

15th International Symposium on Microbial Ecology2014年08月25日

ポスター発表

Selective Inoculation of Microcolonies Materializes Cultivation and Isolation of Previously Uncultured Nitrifying Bacteria

15th International Symposium on Microbial Ecology2014年08月25日

ポスター発表

Selective Enrichment of Ammonia-Oxidizing Archaea and Bacteria from Freshwater

Water Environment and Technology Conference 20142014年06月29日

ポスター発表

The MPLW515L/K Simultaneous Detection/Quantitation Method That Is Tractable to the Massivly Parallel Sequencing

19th Congress of the European Hematology Association2014年06月12日

ポスター発表

腸内細菌による腸管上皮バリア機能の強化・修復

第18回腸内細菌学会2014年06月11日

口頭発表（一般）

腸内細菌代謝産物を介した大腸上皮細胞の炎症応答抑制機構の探索

第18回腸内細菌学会2014年06月11日

口頭発表（一般）

RNA干渉酵素を用いたRNA切断技術の開発

日本農芸化学会2013年度大会2014年03月29日

口頭発表（一般）

バイオフィルム中で薬剤寛容性を示す休止細菌の時空間ダイナミクス解析

第87回日本細菌学会総会2014年03月26日

ポスター発表

細菌分裂活性マーカーを用いた休止細菌分子機構の解析

第87回日本細菌学会総会2014年03月26日

ポスター発表

微小ガラス電極を用いたヒト心筋細胞の酸素消費動態解析

化学工学会第79年会2014年03月20日

口頭発表（一般）

淡水環境堆積物からのAnammox細菌の低温集積培養

第48回日本水環境学会年会2014年03月18日

口頭発表（一般）

包括固定化アナモックス担体のメタノール耐性と馴養

第48回日本水環境学会年会2014年03月17日

口頭発表（一般）

排水処理槽内から単離された2種類のNitrospiraの比較解析

第48回日本水環境学会年会2014年03月17日

口頭発表（一般）

効率的な酸素供給を実現する新規培養手法の構築

第13回日本再生医療学会総会2014年03月06日

口頭発表（一般）

微小ガラス電極を用いた酸素計測による心筋細胞の動態評価

第13回日本再生医療学会総会2014年03月06日

口頭発表（一般）

The Role of Gut Microbiota in the Progression of Non-Alcohol Fatty Liver Disease

第42回日本免疫学会学術集会2013年12月13日

ポスター発表

The Regulation of the Intestinal Epithelial Tight Junction Protein by Bifidobacterium bifidum

第42回日本免疫学会学術集会2013年12月13日

ポスター発表

腸管上皮バリア機能の強化・修復を担う腸内細菌の探索

Hindgut Club Japan 20132013年12月07日

ポスター発表

RNA干渉酵素の酵素活性評価手法の構築とその利用

第29回日本微生物生態学会2013年11月24日

ポスター発表

機能遺伝子nxrBに基づく新規な亜硝酸酸化細菌の探索

第29回日本微生物生態学会2013年11月24日

ポスター発表

「個」と「集団」で生きる微生物たちを分ける　—生育形態と難培養性との関係に迫る—

第29回日本微生物生態学会2013年11月23日

ポスター発表

環境中に潜在するAnammox細菌の集積培養と群集構造解析

第29回日本微生物生態学会2013年11月23日

ポスター発表

低濃度アンモニアの連続供給による難培養性硝化微生物の選択的集積培養

第29回日本微生物生態学会2013年11月24日

ポスター発表

亜硝酸酸化細菌Nitrospiraを標的とした新規分離培養手法と他の難培養性微生物への適用

第29回日本微生物生態学会2013年11月24日

口頭発表（一般）

マウス結腸陰窩細胞動態の三次元モデルの構築

定量生物学の会　第6回年会2013年11月22日

ポスター発表

Establishment of a Newly Developed Culture Method Providing Efficient Oxygen Supply to Biological Systems

Functional Analysis and Screening Technologies Conference2013年10月29日

ポスター発表

A highly sensitive and reliable JAK2V617F detection method for the diagnostics of MPN

第75回日本血液学会学術集会2013年10月11日

ポスター発表

Identification and biochemical analysis of cholesterol sulfate and halisulfate 3 as novel hepatitis C virus NS3 helicase inhibitors from marine natural products

HCV meeting 20132013年10月08日

ポスター発表

長波長蛍光標識RNAプローブを用いたC型肝炎ウイルスNS3 helicaseの新規な活性測定手法

平成25年度日本生物工学会大会2013年09月19日

ポスター発表

In situ Identification of Persisters by Visualizing Z-Ring Formation

Euro Biofilms 20132013年09月10日

口頭発表（一般）

High-Rate Nitrification of Electronic Industry Wastewater by Using Nitrifying Granules

3rd International Conference on Nitrification2013年09月04日

ポスター発表

Comparative Physiological Analysis of Nitrospira Strains Isolated from a Wastewater Treatment Plant

3rd International Conference on Nitrification2013年09月04日

ポスター発表

Molecular Analysis of Enrichment Cultures of Freshwater Anammox Bacteria

3rd International Conference on Nitrification2013年09月04日

ポスター発表

An Innovative Cultivation and Isolation Strategy for Uncultured Nitrifying Bacteria

3rd International Conference on Nitrification2013年09月03日

口頭発表（一般）

局所酸素濃度計測による心筋細胞の機能評価

第17回酸素ダイナミクス研究会2013年08月03日

口頭発表（一般）

Applicability of a Sequencing Batch Membrane Biofilm Reactor for Simultaneous Nitrogen and Phosphorus Removal from Low C/N Ratio Wastewater

Water Environment and Technology Conference 20132013年06月15日

ポスター発表

海洋生物抽出物より取得したcholesterol sulfateおよびhalisulfate 3によるC型肝炎ウイルスNS3 helicase阻害作用

第23回抗ウイルス療法研究会総会2013年06月13日

口頭発表（一般）

海綿Amphimedon sp.抽出画分のHCVゲノム複製阻害効果とその作用機序

第23回抗ウイルス療法研究会総会2013年06月13日

口頭発表（一般）

腸内細菌代謝産物を介した大腸上皮細胞の炎症応答抑制

第17回腸内細菌学会2013年06月13日

口頭発表（一般）

The Interaction between Commensal Bacteria and Innate Immune Receptors for Modulating the Intestinal Inflammatory Response

Cell Symposia: Microbiome and Host Health2013年05月13日

ポスター発表

心臓を構成する各種細胞の酸素消費速度の測定

第12回日本再生医療学会総会2013年03月21日

ポスター発表

ラットおよびヒトiPS細胞由来心筋細胞の局所酸素濃度に応じた代謝動態

第12回日本再生医療学会総会2013年03月21日

口頭発表（一般）

灌流培養バイオリアクタを用いた血管網付きヒト心筋組織の構築

第12回日本再生医療学会総会2013年03月21日

口頭発表（一般）

An Innovative Cultivation and Isolation Strategy for Uncultured Nitrifying Bacteria

CER International workshop on Biogeochemical cycling and Microbial Ecology for Young Scientists2013年03月19日

口頭発表（一般）

Pseudomonas aeruginosa PAO1のバイオフィルム形成における休止細菌の時空間ダイナミクスの解析

第86回日本細菌学会総会2013年03月18日

ポスター発表

細菌の分裂活性に基づいたdormant persister の新規マーカーの開発

第86回日本細菌学会総会2013年03月18日

ポスター発表

新規分離培養手法のアナモックス細菌への適用

第47回日本水環境学会年会2013年03月11日

口頭発表（一般）

包括固定化担体を用いた好気脱窒システムの安定性評価

第47回日本水環境学会年会2013年03月11日

口頭発表（一般）

淡水環境に生息する難培養性硝化細菌の新規分離培養手法の開発

第47回日本水環境学会年会2013年03月11日

口頭発表（一般）

腸管炎症制御に関わる細菌−自然免疫細胞の相互作用の解明

第18回Hindgut Club Japanシンポジウム2012年12月08日

ポスター発表

腸炎の病態形成に関わる腸内環境因子の探索

第18回Hindgut Club Japanシンポジウム2012年12月08日

ポスター発表

Repairing of TNF-α Induced Intestinal Epithelial TJ Dysfunction by Bifidobacterium bifidum Isolated from Normal Individual

第41回日本免疫学会学術集会2012年12月07日

ポスター発表

結腸上皮細胞アポトーシス動態が細胞種ごとに異なるという予測の検証

定量生物学の会　第5回年会2012年11月23日

ポスター発表

微生物情報伝達物質を分解するろ過膜よるバイオフィルムの抑制

平成24年度日本生物工学会大会2012年10月26日

口頭発表（一般）

海洋生物抽出物より取得した複数種の硫酸化合物によるC型肝炎ウイルスNS3 helicase阻害作用

平成24年度日本生物工学会大会2012年10月25日

口頭発表（一般）

単層培養系における局所酸素濃度の測定

第16回酸素ダイナミクス研究会2012年09月29日

口頭発表（一般）

心筋細胞シートにおけるエネルギー代謝

第16回酸素ダイナミクス研究会2012年09月29日

口頭発表（一般）

培養できない微生物を培養するための新規技術開発

第28回日本微生物生態学会2012年09月22日

口頭発表（一般）

mRNA interferaseを用いたRNAの配列特異的な切断技術の開発

第28回日本微生物生態学会2012年09月21日

ポスター発表

難培養性Nitrospiraの単離が排水処理プロセスでの亜硝酸酸化細菌の生理学的性質を明らかにする

第28回日本微生物生態学会2012年09月20日

ポスター発表

バイオインターフェイスの改質による水処理におけるバイオフィルム制御:バイオフィルムリアクターの

第28回日本微生物生態学会2012年09月20日

口頭発表（一般）

システム論的アプローチによる環境浄化微生物コミュニティーデザイン

第28回日本微生物生態学会2012年09月20日

口頭発表（一般）

Vascularized Tissue Fabrication from Human Cells Using in vitro Bioreactor

TERMIS-WC 20122012年09月

ポスター発表

Metabolic Change of Cultured Cell Sheets Depending on Oxygen Supply

TERMIS-WC 20122012年09月

ポスター発表

Measuring Energy Metabolism of Cell Sheets Used for Tissue Engineering

2012 International Symposium of Materials on Regenerative Medicine2012年09月

ポスター発表

Computational Modeling of Microbial Granulation Processes for Wastewater Treatment

14th International Symposium on Microbial Ecology2012年08月

ポスター発表

Host-microbes Interplay Involved in the Resolution of Intestinal Inflammation

14th International Symposium on Microbial Ecology2012年08月

ポスター発表

Comparative Physiological Analysis of Previously Uncultured Nitrospira Strains Isolated

14th International Symposium on Microbial Ecology2012年08月

ポスター発表

Selective Cultivation of Nitrifying Bacteria Present in Drinking Water Treatment Plants

14th International Symposium on Microbial Ecology2012年08月

ポスター発表

Novel Method for Cultivation of Uncultured Nitrifying Bacteria

14th International Symposium on Microbial Ecology2012年08月

口頭発表（一般）

蛍光発生プローブによるスプライシング反応の解析

第４回日本RNAi研究会2012年08月

口頭発表（一般）

DSS腸炎マウスの病態形成過程における腸内細菌由来TLRs刺激能の動態

第１6回腸内細菌学会2012年06月

口頭発表（一般）

大腸上皮細胞を用いた炎症応答抑制に関わる腸内細菌の探索

第１6回腸内細菌学会2012年06月

ポスター発表

生体外における血管網付ヒト三次元組織の構築

第11回日本再生医療学会総会2012年06月

ポスター発表

培地・酸素供給の変化に応じた細胞シートの代謝変動特性

第11回日本再生医療学会総会2012年06月

口頭発表（一般）

Clinical Relevance of JAK2 V617F Somatic Point Mutation in Japanese Myeloproliferative Neoplasm Patients

3rd JSH International Symposium 20122012年05月

ポスター発表

再生医療に用いる細胞シートのエネルギー代謝

日本組織培養学会第85回大会2012年05月

口頭発表（一般）

細胞シート積層による三次元心筋組織構築過程における代謝評価

日本組織培養学会第85回大会2012年05月

口頭発表（一般）

Inhibition of Hepatitis C Virus Replication and Viral Helicase by Ethyl Acetate Extract of the Marine Feather Star Alloeocomatella polycladia

25th International Conference on Antiviral Research2012年04月

ポスター発表

新規蛍光発生化合物を用いた細胞内遺伝子検出プローブの改良と評価

日本薬学会第132年会2012年03月

口頭発表（一般）

バイオフィルム由来の目詰まりを抑制する酵素固定化型ろ過膜の開発

化学工学会第77年会2012年03月

口頭発表（一般）

単層細胞シートの代謝評価と酸素供給の影響

化学工学会第77年会2012年03月

口頭発表（一般）

微生物情報伝達を遮断する機能性ろ過膜における膜の目詰まり防止の試み

第46回日本水環境学会年会2012年03月

口頭発表（一般）

ゼオライト成形体と水生植物を活用した里川再生技術の実河川への応用

第46回日本水環境学会年会2012年03月

口頭発表（一般）

アナモックス反応による好気脱窒システムの性能評価

第46回日本水環境学会年会2012年03月

口頭発表（一般）

大腸上皮組織中における細胞増殖—アポトーシスバランスの数理モデル構築

第12回化学工学会学生発表会東京大会2012年03月

口頭発表（一般）

排水処理槽内に生息する難培養性亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの分離培養

第12回化学工学会学生発表会東京大会2012年03月

口頭発表（一般）

in vivo培養システムの開発と口腔内に生息する未培養性微生物の取得・解明

第12回化学工学会学生発表会東京大会2012年03月

口頭発表（一般）

生体組織維持におけるアポトーシスの役割：数理モデルによる定量解析

定量生物学の会　第4回年会2012年01月

ポスター発表

A Feasibility Study on Monitoring the State of Culturing Myocardial Tissues by the Glucose Metabolism Measurement

TERMIS-NA 20112012年12月

ポスター発表

Induction of Mucosal Immune Responses via M cells within Nasal-Associated Lymphoid Tissue

第40回日本免疫学会学術集会2011年11月

Fluorogenic Probe for Detection of mRNA and Intron Lariat RNA

第38回国際核酸化学シンポジウム2011年11月

ポスター発表

亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの新規分離培養手法とその実証

第27回日本微生物生態学会2011年10月

ポスター発表

浄水処理プロセス由来の新規硝化細菌の分離培養

第27回日本微生物生態学会2011年10月

ポスター発表

腸内細菌叢が大腸炎の病態に与える影響解析

第27回日本微生物生態学会2011年10月

口頭発表（一般）

Nitrogen Treatment by Direct Purification Technology Using Molded Zeolite and Aquatic Plants in an Actual Stream

The 4th IWA-ASPIRE Conference2011年10月

口頭発表（一般）

海洋生物抽出物より取得したcholesterol sulfateによるC型肝炎ウイルスNS3 helicase阻害作用

平成23年度日本生物工学会大会2011年09月

口頭発表（一般）

腸炎の病態形成に寄与する腸内環境因子の探索

平成23年度日本生物工学会大会2011年09月

口頭発表（一般）

還元反応を引き金とした蛍光発生核酸プローブによるスプライシング反応産物の検出

日本分析化学会第60年会2011年09月

口頭発表（一般）

ゼオライト成形体と水生植物を活用した生態工学技術による小河川の再生

日本陸水学会第76回大会2011年09月

口頭発表（一般）

水質浄化ゼオライト成形体の導入による魚類の生息・産卵場所の創造

日本陸水学会第76回大会2011年09月

口頭発表（一般）

Quantitative Detection of Cryptosporidium Oocyst in Water Source by Alternatively Binding Probe Competitive Polymerase Chain Reaction (ABC-PCR)

16th International Symposium on Health-Related Water Microbiology2011年09月

口頭発表（一般）

Microbial Population Dynamics during the Formation of Nitrifying Granules and Protein Putatively Relevant for Granulation

IUMS20112011年09月

ポスター発表

In vitro Screening of Prospective Bacteria Modulating the Epithelial Inflammatory Response

IUMS20112011年09月

ポスター発表

Characterization of Colonic Microflora and Innate Immune-Stimulatory Activity during Colitis Progression

IUMS20112011年09月

ポスター発表

新生仔ラット心筋細胞シートにおける内皮細胞の動態イメージング

第２０回バイオイメージング学会学術集会2011年09月

ポスター発表

In Vitro Construction of Human Vascular Bed for 3-D Tissue Fabrication

TERMIS AP2011年08月

ポスター発表

Development of a Computational Model for the Growth Process of Microbial Granules

Biochemical and Molecular Engineering XVII2011年06月

ポスター発表

High-Throughput in situ Cultivation for Accessing Uncultivable Environmental Microorganisms

Biochemical and Molecular Engineering XVII2011年06月

ポスター発表

マルチオーミクス解析による腸内環境分子間ネットワークの構築

第１5回腸内細菌学会2011年06月

口頭発表（一般）

還元反応を引き金とした蛍光発生プローブによるスプライシング反応産物の検出

日本薬学会第131年会2011年03月

口頭発表（一般）

微生物グラニュールによる窒素・リン同時除去プロセスの解明:実験と数理モデリング

化学工学会第76年会2011年03月

口頭発表（一般）

畜産排水除去を志向した飼料イネ水田におけるPlanctomycetes 門の生態構造解析

第45回日本水環境学会年会2011年03月

ポスター発表

ゼオライト成形体と水生植物を活用した里川再生技術の実河川における検討

第45回日本水環境学会年会2011年03月

口頭発表（一般）

アナモックス反応を利用した好気脱窒システムにおける窒素除去特性

第45回日本水環境学会年会2011年03月

口頭発表（一般）

三胚葉由来組織に共通する成体幹細胞の探索

第10回日本再生医療学会総会2011年03月

ポスター発表

The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers

TERMIS NA2010年12月

ポスター発表

Alternately Binding Quenching Probe Competitive PCR: Simple, Sensitive, and Cost-Effective JAK2 Allele Burden Quantification Method

52nd ASH Annual Meeting and Exposition2010年12月

ポスター発表

High-Throughput in situ Cultivation - Accessing to Uncultivable Environmental Microorganisms

第25回日本微生物生態学会2010年11月

ポスター発表

Development of in vivo cultivation method targeting human oral microbes

第25回日本微生物生態学会2010年11月

ポスター発表

Growth Characteristics of Uncultured Nitrite-Oxidizing Nitrospira

第25回日本微生物生態学会2010年11月

ポスター発表

担体利用１槽型アナモックスシステムの基礎検討

日本水処理生物学会第47回大会2010年11月

口頭発表（一般）

沖縄産ウミシダ（Alloeocomatella polycladia）抽出物の抗HCV NS3 helicase阻害活性によるHCV増殖抑制効果

第58回日本ウイルス学会2010年11月

口頭発表（一般）

Alternately binding probe competitive (ABC) helicase-dependent amplification (HDA) 法による簡便な遺伝子定量技術の開発

平成22年度日本生物工学会大会2010年10月

ポスター発表

好気グラニュールを用いた高速硝化処理

第13回日本水環境学会シンポジウム2010年09月

口頭発表（一般）

有機化学反応を用いた蛍光発生プローブを用いたペプチド検出

日本化学会第4回関東支部大会2010年08月

ポスター発表

有機化学反応を用いた蛍光発生プローブによる核酸分子の検出

日本化学会第4回関東支部大会2010年08月

口頭発表（一般）

Selective and Highly Efficient Enrichment of Uncultured Nitrospira

13th International Symposium on Microbial Ecology2010年08月

ポスター発表

High Throughput in situ Cultivation of Environmental Microorganisms

13th International Symposium on Microbial Ecology2010年08月

ポスター発表

Significance of Reactor Type for High-Rate Nitrification Using Aerobic Granular Sludge

Water Environment and Technology Conference 20102010年06月

ポスター発表

Enhancing Nitrogen and Phosphorus Removal in an Anaerobic/Oxic/Anoxic Sequencing Batch Reactor: The Dependence of the Amount of External Carbon

Water Environment and Technology Conference 20102010年06月

ポスター発表

Nitrogen Removal Performance of Heterotrophic Denitrifying Bacteria Entrapped in PEG Gel Carriers

Water Environment and Technology Conference 20102010年06月

ポスター発表

Formation of Aerobic Granular Sludge in a Continuous Flow Reactor - Control Strategy for Selection of Well-Settling Granular Sludge-

Water Environment and Technology Conference 20102010年06月

ポスター発表

還元を引き金とする蛍光発生システムによる遺伝子検出

日本ケミカルバイオロジー学会第5回年会2010年05月

ポスター発表

安定同位体標識技術を活用した複合微生物系における新規代謝動態解析法

日本農芸化学会2010年度大会2010年03月

口頭発表（一般）

発現遺伝子情報に基づく腸内環境評価系の構築

日本農芸化学会2010年度大会2010年03月

口頭発表（一般）

ハイスループットinsitu分離培養法‐難培養性微生物への効率的アクセス‐

日本農芸化学会2010年度大会2010年03月

口頭発表（一般）

環境微生物の選択的分離技術の開発-Microbial Cell Chromatography-

日本農芸化学会2010年度大会2010年03月

口頭発表（一般）

膜透過能を有する修飾ダンベル型RNAによるRNA干渉法の開発

日本化学会第90春季年会2010年03月

口頭発表（一般）

還元反応を引き金とする蛍光発生システムを用いた核酸検出

日本化学会第90春季年会2010年03月

ポスター発表

ヒト大腸陰窩における分裂細胞空間配置パターンのダイナミクス

日本物理学会第65回年次大会2010年03月

口頭発表（一般）

異なる表面電位を有する材料表面への微生物の初期付着とバイオフィルム構造の関係解明

化学工学会第75年会2010年03月

口頭発表（一般）

皮下移植後の組織再構築因子の探索

第9回日本再生医療学会総会2010年03月

ポスター発表

角膜内皮細胞特異的細胞表面マーカーの同定

第9回日本再生医療学会総会2010年03月

ポスター発表

アナモックス反応に及ぼすDOの影響

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

半導体工場排水を対象としたグラニュールによる高速硝化パイロットスケール試験

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

ゼオライト成形体と水生植物を活用した里川再生技術の実河川における検討

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

好気性ク?ラニュールにおける微生物生態構造:数理モテ?ル構築とシミュレーション

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

好気性グラニュールにおける微生物生態構造解析とその制御

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

新規遺伝子定量手法ABC-PCR法を用いた水中の病原微生物の定量

第44回日本水環境学会年会2010年03月

口頭発表（一般）

有機化学反応を引き金とした核酸分子検出技術の開発

第12回化学工学会学生発表会東京大会2010年03月

口頭発表（一般）

DSS腸炎モデルマウスを用いた腸管炎症時の腸内細菌叢解析

第12回化学工学会学生発表会東京大会2010年03月

口頭発表（一般）

難培養性微生物の新規分離培養手法-in vivo 培養-

第12回化学工学会学生発表会東京大会2010年03月

口頭発表（一般）

Evaluation of gut environmental dynamics based on gene expression profiling

2nd TNO Beneficial Microbes Conference2010年03月

ポスター発表

Monitoring of metabolic dynamics in microbial ecosystems using a combination of DNA fingerprinting and metabolome analysis based on stable isotope labeling

2nd TNO Beneficial Microbes Conference2010年03月

ポスター発表

腸陰窩における細胞配置のタ?イナミクス

定量生物学の会　第2回年会2010年01月

ポスター発表

Construction of Gut Environment Assessment System Based on Multiple Omics Approach

第32回日本分子生物学会年会2009年12月

口頭発表（一般）

Universal quenching probe system: flexible, specific, and cost-effective real-time polymerase chain reaction method

第32回日本分子生物学会年会2009年12月

ポスター発表

難培養性亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの分離培養

第25回日本微生物生態学会2009年11月

ポスター発表

繊維摂取に伴うマウス腸内フローラの変動と物流システム評価

第25回日本微生物生態学会2009年11月

ポスター発表

High Throughput in situ Cultivation as a New Method for Cultivation of Uncultivable Environmental Microorganisms

Asia Pacific Biochemical Engineering Conference (APBioChEC'09)2009年11月

ポスター発表

好気グラニュールを用いた電子産業排水の高速硝化処理

日本水処理生物学会第46回大会2009年11月

口頭発表（一般）

修飾ダンベル型RNAによるRNA干渉法の開発

第28回メディシナルケミストリーシンポジウム2009年11月

口頭発表（一般）

Photoactivation of Caged Fluorescent Oligodeoxynucleotide in Cell

Joint Symposium of 5th Annual Meeting of Oligonucleotide Therapeutics Society and the 19th Antisense Symposium2009年11月

ポスター発表

海洋生物抽出液ライブラリーからのＣ型肝炎ウイルスNS3 helicase活性阻害物質の探索

第５７回日本ウイルス学会2009年10月

口頭発表（一般）

High Rate Nitrification Using Aerobic Granular Sludge

6th Netherlands-Japan Workshop on Water Technology2009年10月

口頭発表（一般）

塩基配列に基づいた遺伝子探索のための選択的DNA増幅手法の開発

日本化学会第３回関東支部大会2009年09月

口頭発表（一般）

Cell proliferation and differentiation in the intestinal crypt using an individual-based model（個体ベースモデルを用いた腸管陰窩における細胞増殖分化のシミュレーション）

第19回日本数理生物学会2009年09月

口頭発表（一般）

Alternately binding probe competitive (ABC)-PCR法を用いた土壌サンプルからのDNA抽出効率算出法

平成21年度日本生物工学会大会2009年09月

口頭発表（一般）

ダンベル型ナノサークルRNAによるRNA干渉法

平成21年度日本生物工学会大会2009年09月

口頭発表（一般）

蛍光消光現象を利用したC型肝炎ウイルス由来ヘリカーゼ活性阻害剤の探索

平成21年度日本生物工学会大会2009年09月

口頭発表（一般）

RNA情報を釣り針とする微生物生細胞の分離・濃縮技術の開発

平成21年度日本生物工学会大会2009年09月

口頭発表（一般）

新規等温遺伝子定量手法Alternately binding probe competitive helicase-dependent amplification (ABC-HDA)法の開発

平成21年度日本生物工学会大会2009年09月

口頭発表（一般）

Subcutaneous Transplantation of Oral Muscosal Epithelial Cell Sheets Fabricated on Temperature-Responsive Culture Dishes

TERMIS 2nd World Congress2009年09月

ポスター発表

Inflammation Analyses after Subcutaneous Transplantation of Cell Sheets for a Novel Tissue Engineering Method

TERMIS 2nd World Congress2009年09月

ポスター発表

Significance of Reactor Type for High-Rate Nitrification Using Aerobic Granular Sludge

IWA 2nd Specialized Conference on Nutrient Management in Wastewater Treatment Process2009年09月

口頭発表（一般）

Reduction-Triggered Fluorescence Amplification Probe for the Detection of Intracellular RNAs

42nd IUPAC Congress2009年08月

ポスター発表

修飾ダンベル型RNAによるRNA干渉法の開発

第25回DDS学会学術集会2009年07月

口頭発表（一般）

化学反応をトリガーとする蛍光発生分子を用いる生細胞内RNA検出

第38回医用高分子シンポジウム2009年07月

口頭発表（一般）

複合オミックス解析による腸内環境評価系の構築

第１３回腸内細菌学会2009年06月

口頭発表（一般）

Microscopic and Macroscopic Models for Aerobic Granular Sludge Processes

Microbial Population Dynamics in Biological Wastewater Treatment (ASPD5)2009年05月

ポスター発表

New Methodologies for Isolation and Cultivation of Uncultivable Microorganisms in Wastewater Treatment Processes

Microbial Population Dynamics in Biological Wastewater Treatment (ASPD5)2009年05月

ポスター発表

Pre-amplified inverse PCRを用いた環境試料からの新規エステラーゼ遺伝子の取得

第３回日本ゲノム微生物学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

硝化グラニュールによる電子産業排水の高速硝化処理

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

硝化グラニュールの形成に関わる操作条件の解明

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

硝化グラニュール形成に関与する細菌群の単離および凝集機構解明

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

難培養性亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの新規分離培養法

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

好気性グラニュールを種汚泥として用いた硝化リアクターの迅速スタートアップに関する研究

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

好気性グラニュールを用いた窒素・リン同時除去プロセスの数理モデリングとシミュレーション

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

ポリリン酸蓄積細菌の新規分離培養法

第43回日本水環境学会年会2009年03月

口頭発表（一般）

半回分式メンブレンバイオフィルムリアクタによる窒素・リン同時除去：低C/N比排水への適用

第43回日本水環境学会年会2009年03月

ポスター発表

マグネティックビーズを用いたアフィニティキャピラリー電気泳動法による16S rRNAの検出

化学工学会第74年会2009年03月

口頭発表（一般）

RT-LAMP法を用いた白血病マーカーWT1 mRNAの迅速・簡便定量技術の開発

化学工学会第74年会2009年03月

口頭発表（一般）

rRNAを標的とした化学反応プローブを用いる微生物生細胞のセレクション

日本農芸化学会2009年度大会2009年03月

ポスター発表

難培養性微生物のハイスループットin situ 分離培養

日本農芸化学会2009年度大会2009年03月

ポスター発表

耕地土壌におけるキチナーゼの多様性および環境因子との関連性

日本農芸化学会2009年度大会2009年03月

ポスター発表

腸管上皮における細胞増殖・分化過程の数理モデリング

日本物理学会第64回年次大会2009年03月

口頭発表（一般）

化学反応プローブを用いた遺伝子情報に基づく生細胞選別技術の開発

日本化学会第89春季年会2009年03月

口頭発表（一般）

生細胞内チオール検出に用いる新規蛍光化合物の合成

日本化学会第89春季年会2009年03月

口頭発表（一般）

細胞内遺伝子検出プローブのための新規蛍光発生型化合物の合成

日本化学会第89春季年会2009年03月

ポスター発表

膜透過性と細胞内安定性の向上を目指したダンベル型RNAの改良合成

日本化学会第89春季年会2009年03月

ポスター発表

C型肝炎ウイルス（HCV）由来NS3ヘリケース活性阻害剤の探索

日本薬学会第129年会2009年03月

ポスター発表

結腸陰窩における細胞増殖分化のシミュレータ開発及び実験データとの定量比較

定量生物学の会　第１回年会2009年01月

口頭発表（一般）

バクテリアによる自己造粒体（グラニュール）形成過程のマルチスケールモデリング

定量生物学の会　第１回年会2009年01月

口頭発表（一般）

結腸陰窩における細胞増殖分化の時空間ダイナミクス

第５回「生物数学の理論とその応用」2009年01月

口頭発表（一般）

粘膜関連リンパ組織におけるＭ細胞関連タンパク質の発現局在解析　Comprehensive analysis of the expression of M-cell-associated proteins among mucosa-associated lymphoid tissue

第38回日本免疫学会学術集会2008年12月

ポスター発表

ダンベル型ナノサークルRNAによるRNA干渉法

第18回アンチセンスシンポジウム2008年11月

ポスター発表

標的遺伝子上で赤色蛍光を発する新規蛍光プローブの合成

第18回アンチセンスシンポジウム2008年11月

ポスター発表

好気グラニュールによる高速硝化処理の諸因子の検討

日本水処理生物学会第45回大会2008年11月

口頭発表（一般）

遺伝子情報に基づいた微生物生細胞の特異的分離技術の開発

第24回日本微生物生態学会2008年11月

口頭発表（一般）

初期形成段階における硝化細菌グラニュールの微生物生態構造解析

第24回日本微生物生態学会2008年11月

口頭発表（一般）

生育環境を模擬可能な新規ハイスループット分離培養手法

第24回日本微生物生態学会2008年11月

口頭発表（一般）

環境微生物の選択的濃縮技術の開発 -Microbial Cell Chromatography-

第24回日本微生物生態学会2008年11月

口頭発表（一般）

Microbial Population Dynamics and Community Structure in Nitrifying Granules Analyzed by Experimental Approach and Two-Dimensional Biofilm Model

Biofilm III2008年10月

口頭発表（一般）

Systems microbial ecology to understand mechanisms of nitrifying granuleformation

14th Symposium of Young Asia Biochemical Engineers Community2008年10月

ポスター発表

Reduction-Triggered Fluorescence Probe Amplifying Nucleic Acids Signal for the Detection of Intracellular RNAs

14th Symposium of Young Asia Biochemical Engineers Community2008年10月

ポスター発表

環境再生のための分散型高度処理システムのあり方

第11回日本水環境学会シンポジウム2008年09月

口頭発表（一般）

核酸鋳型反応を用いた遺伝子検出

第57回高分子討論会2008年09月

口頭発表（一般）

化学反応を引き金とする蛍光発生分子による細胞内RNA検出

化学工学会第40回秋季大会2008年09月

口頭発表（一般）

C型肝炎ウイルス由来ヘリケース活性測定法の開発及び活性阻害剤の探索

化学工学会第40回秋季大会2008年09月

口頭発表（一般）

Fluorogenic Probe Triggered by Reduction for Nucleic Acids Sensing

35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry2008年09月

口頭発表（一般）

High-throughput Screening Assay for Hepatitis C Virus Helicase Inhibitors Using Fluorescence-Quenching Phenomenon

Japan-China Medical Workshop on Drug Discoveries and Therapeutics 20082008年09月

口頭発表（一般）

Pre-amplified inverse PCRを用いた環境試料からの新規リハ?ーセ?遺伝子の取得

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

ABC-PCR法を用いたDehalococcoides属細菌の定量

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

微生物叢-代謝物群相関解析(DGGE-NMR)法による腸内環境変動の評価法構築

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

蛍光消光現象を利用したC型肝炎ウイルス由来ヘリケース活性阻害剤の探索

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP)法を用いた白血病マーカーWT1 mRNAの迅速・簡便定量技術の開発

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

蛍光を利用した新規ヘリケース活性測定手法の開発

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

アフィニティーキャヒ?ラリー電気泳動法を用いた特定rRNAの連続的定量手法の開発

平成20年度日本生物工学会大会2008年08月

口頭発表（一般）

New Cutivation Method for Microorganisms Requiring Environment Simulated Conditions