最終更新日2017年02月01日

氏名

シミズ カナ

清水 佳奈

職名

准教授

所属理工学術院

(基幹理工学部)

本属以外の学内所属

兼担

理工学術院(大学院基幹理工学研究科)

学内研究所等

ITバイオ研究所

研究員 2005年-2005年

ゲームの科学研究所

研究所員 2016年-

学内研究制度

特定課題研究

cDNAにおける遺伝子領域の特定に関する研究

2003年度

研究成果概要:ポストシークエンス時代の到来と共に、ゲノム情報解析の必要性が高まっている。ゲノムの情報は冗長であり、シークエンサーで解読された情報の中のごく一部だけが生物の機能に携わっている。そのためゲノム情報を、創薬、遺伝子治療、品種改良等に役...ポストシークエンス時代の到来と共に、ゲノム情報解析の必要性が高まっている。ゲノムの情報は冗長であり、シークエンサーで解読された情報の中のごく一部だけが生物の機能に携わっている。そのためゲノム情報を、創薬、遺伝子治療、品種改良等に役立てるには、まず最初に大量のデータの中から遺伝子領域を特定し、タンパク質の機能解析をする必要がある。本研究では以上のような背景を踏まえ、cDNA配列からタンパク質のコーディング領域を予測することを目標とした。cDNAからタンパク質のコーディング領域を特定する従来研究は、コドン連鎖などのコドンの使用頻度をもとに予測を行っている。そのためコドンの使用頻度に偏りがある配列に対しては、予測精度を保てない欠点がある。ゲノムの情報は例外が多く、コドンの使用頻度が偏った配列は数多く存在する。ロバストな予測を行うためには多くの生物学的知見による情報を利用する必要があるが、多くの従来研究では、隠れマルコフモデルなどの確率モデルを使った手法がとられているため、確率的に依存関係にある生物学的知見を同時に利用することが困難であった。これに対し、本研究ではコドンの使用頻度のほかにも有用と思われる生物学的知見を数多く組み合わせて予測することのできる手法を提案した。提案した手法を実装し、ベンチマーク用データを用いて評価を行った結果、従来研究よりも良い精度を得ることができた。また、本研究で実装したシステムはwebから実行することも可能であり、近日中に一web上で公開する予定である。なお、本研究の成果はcDNAだけでなくDNAのexon領域予測にも応用できる。現在はDNA予測に向けてシステムの改変を行い、本研究がより広範囲に貢献できるよう、研究を進めている。

暗号技術を用いたプライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発

2016年度

研究成果概要:データベース検索においてクエリとデータベースの双方にプライバシ情報を含む場合,双方のプライバシを同時に守ることは難しい.本研究では,このような問題を解決するため,データの中身を隠したまま,検索結果のみをユーザーに提示することのでき...データベース検索においてクエリとデータベースの双方にプライバシ情報を含む場合,双方のプライバシを同時に守ることは難しい.本研究では,このような問題を解決するため,データの中身を隠したまま,検索結果のみをユーザーに提示することのできる秘匿検索技術の開発を行った.提案手法は部分文字列の秘匿検索を行うことができるが,文字の種類数が多い場合にも高速に動作する性質を持ち,従来手法と比較して10~100倍以上高速であった.本研究成果はデータベース検索の安全化に役立つことが期待される.

現在担当している科目

科目名開講学部・研究科開講年度学期
情報通信基礎基幹理工学部2017春学期
情報通信基礎 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017春学期
アルゴリズムとデータ構造 13前再基幹理工学部2017秋学期
アルゴリズムとデータ構造 13前再 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017秋学期
情報理工学実験A基幹理工学部2017秋学期
情報理工学実験A 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017秋学期
アルゴリズムとデータ構造A基幹理工学部2017春学期
アルゴリズムとデータ構造A基幹理工学部2017春学期
アルゴリズムとデータ構造A 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017春学期
アルゴリズムとデータ構造B基幹理工学部2017秋学期
アルゴリズムとデータ構造B基幹理工学部2017秋学期
アルゴリズムとデータ構造B 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017秋学期
情報理工学実験B基幹理工学部2017春学期
情報理工学実験B 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017春学期
卒業論文A基幹理工学部2017通年
卒業論文A  【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017通年
卒業論文B基幹理工学部2017通年
卒業論文B  【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017通年
プロジェクト研究A基幹理工学部2017春学期
情報理工学実験C基幹理工学部2017秋学期
プロジェクト研究B基幹理工学部2017秋学期
生命情報処理とICT基幹理工学部2017春学期
生命情報処理とICT基幹理工学部2017春学期
Algorithms in Computational Biology基幹理工学部2017秋学期
生命情報解析技術基幹理工学部2017秋学期
情報通信実験A基幹理工学部2017秋学期
情報通信実験A 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017秋学期
情報通信実験B基幹理工学部2017春学期
情報通信実験B 【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017春学期
卒業論文A基幹理工学部2017通年
卒業論文A  【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017通年
卒業論文B基幹理工学部2017通年
卒業論文B  【前年度成績S評価者用】基幹理工学部2017通年
プロジェクト研究A基幹理工学部2017春学期
プロジェクト研究B基幹理工学部2017秋学期
Research Project B基幹理工学部2017春学期
Research Project B 【S Grade】基幹理工学部2017春学期
Research Project C基幹理工学部2017秋学期
Research Project C 【S Grade】基幹理工学部2017秋学期
Algorithms and Data Structures基幹理工学部2017春学期
Algorithms and Data Structures基幹理工学部2017春学期
Algorithms and Data Structures基幹理工学部2017春学期
Algorithms and Data Structures基幹理工学部2017春学期
Computer Science and Engineering Laboratory基幹理工学部2017秋学期
Computer Science and Engineering Laboratory基幹理工学部2017秋学期
Research Project A基幹理工学部2017秋学期
Research Project D基幹理工学部2017春学期
Communications and Computer Engineering Laboratory基幹理工学部2017秋学期
Research Project A基幹理工学部2017秋学期
修士論文(情報・通信)大学院基幹理工学研究科2017通年
Research on Bioinformatics大学院基幹理工学研究科2017通年
バイオインフォマティクス研究大学院基幹理工学研究科2017通年
Research on Computational Biology大学院基幹理工学研究科2017通年
生命情報解析研究大学院基幹理工学研究科2017通年
Special Laboratory A in Computer Science and Communications Engineering大学院基幹理工学研究科2017春学期
情報理工・情報通信特別実験A大学院基幹理工学研究科2017春学期
情報理工学特別実験A大学院基幹理工学研究科2017春学期
Special Laboratory B in Computer Science and Communications Engineering大学院基幹理工学研究科2017秋学期
情報理工・情報通信特別実験B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
情報理工学特別実験B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Algorithms in Computational Biology大学院基幹理工学研究科2017秋学期
生命情報解析技術大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Seminar on Bioinformatics A大学院基幹理工学研究科2017春学期
バイオインフォマティクス演習A大学院基幹理工学研究科2017春学期
Seminar on Bioinformatics B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
バイオインフォマティクス演習B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Seminar on Bioinformatics C大学院基幹理工学研究科2017春学期
バイオインフォマティクス演習C大学院基幹理工学研究科2017春学期
Seminar on Bioinformatics D大学院基幹理工学研究科2017秋学期
バイオインフォマティクス演習D大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Seminar on Hands-on Course on Computational Biology A大学院基幹理工学研究科2017春学期
生命情報解析演習A大学院基幹理工学研究科2017春学期
Seminar on Hands-on Course on Computational Biology B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
生命情報解析演習B大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Seminar on Hands-on Course on Computational Biology C大学院基幹理工学研究科2017春学期
生命情報解析演習C大学院基幹理工学研究科2017春学期
Seminar on Hands-on Course on Computational Biology D大学院基幹理工学研究科2017秋学期
生命情報解析演習D大学院基幹理工学研究科2017秋学期
Master's Thesis (Department of Computer Science and Communications Engineering)大学院基幹理工学研究科2017通年
バイオインフォマティクス研究大学院基幹理工学研究科2017通年
生命情報解析研究大学院基幹理工学研究科2017通年
情報理工・情報通信特別演習A大学院基幹理工学研究科2017春学期
情報理工・情報通信特別演習B大学院基幹理工学研究科2017秋学期